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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTGTTAATGTTGCACTGACACTGAGATACGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggttctctttgggcattttgtgcctagtgtgtgtgtggatattcttggtatcgagctgatgtcctgcaattttgcttttctttattgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G002786_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G002786_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g53520.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GTCTGTTAATGTTGCACTGACACTGAGATACGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggttctctttgggcattttgtgcctagtgtgtgtgtggatattcttggtatcgagctgatgtcctgcaattttgcttttctttattgcag
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GACAGTAAACATTGCCCTTTCTCTGAGATATGAGATCAATAGAGGTTTTGCAACCTTGAGGGAGATTGGTCATGGCCGTGATCTGAAGAAGTTCCTCATTgtatgttaactgactctttatcctcggtgatgcata-acattaggcacttgttgattgcctgctgatgt---gccttgttatctttctatcat-cag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78074111|gb|DV502545.1|DV502545
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|28909442|gb|CB331814.1|CB331814
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|32848367|gb|CD988048.1|CD988048
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGATACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCCTTTCAGTTCTTGGGAGCTGCTGCAACTTC
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EST: gi|94477185|gb|EB706143.1|EB706143
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|74244054|gb|DT651968.1|DT651968
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|148928699|gb|EC873319.2|EC873319
EST:     CTACCTTGAGGGAGATGGGACATGGACCCGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCGGTGGCAACTTC
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EST: gi|86469370|gb|DY235740.1|DY235740
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTTTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|211478239|gb|FL012833.1|FL012833
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTT
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EST: gi|111190365|gb|EE288501.1|EE288501
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|148997316|gb|EE035811.2|EE035811
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|83279394|gb|DV943402.1|DV943402
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|78088623|gb|DV517016.1|DV517016
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|88757596|gb|DY541737.1|DY541737
EST:     TACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTTAAT-                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTG
genomic: TACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCT-AATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTG
EST: gi|148982478|gb|EE028331.2|EE028331
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|113702550|gb|EE680054.1|EE680054
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|18179914|gb|BM381124.1|BM381124
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|15208958|gb|BI430842.1|BI430842
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTT
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EST: gi|148958637|gb|EC904892.2|EC904892
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTTTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|149072488|gb|EE160766.2|EE160766
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|28909435|gb|CB331812.1|CB331812
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|149103132|gb|EE288502.2|EE288502
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|60350462|gb|DN217435.1|DN217435
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|78088622|gb|DV517015.1|DV517015
EST:     CTCCCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|211119893|gb|FL474006.1|FL474006
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
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EST: gi|148946603|gb|EC891862.2|EC891862
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|89764135|gb|DY691052.1|DY691052
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTTGCA-CTT
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTT-GCAACTT
EST: gi|33103770|gb|CF063730.1|CF063730
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCCTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|148958638|gb|EC904893.2|EC904893
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|149017012|gb|EE045663.2|EE045663
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|110218442|gb|EC900340.1|EC900340
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|113703563|gb|EE681067.1|EE681067
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|60397846|gb|DN230662.1|DN230662
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|89764133|gb|DY691051.1|DY691051
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|148965585|gb|EE016418.2|EE016418
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|84969593|gb|DW468025.1|DW468025
EST:     CTACCTTGAGGGAGATGGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|91052894|gb|EB163312.1|EB163312
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|32830319|gb|CD969997.1|CD969997
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCCTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|40334051|gb|CK368121.1|CK368121
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|211478240|gb|FL012834.1|FL012834
EST:     TACCTTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: TACCTT-GAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|76013338|gb|DT940508.1|DT940508
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|148954864|gb|EC900341.2|EC900341
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|86468402|gb|DY234772.1|DY234772
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|76285736|gb|DV025304.1|DV025304
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTANAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|78078652|gb|DV507064.1|DV507064
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|78074112|gb|DV502546.1|DV502546
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|86470508|gb|DY236878.1|DY236878
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|78078655|gb|DV507067.1|DV507067
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|33102912|gb|CF062872.1|CF062872
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCCTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
EST: gi|148930882|gb|EC873320.2|EC873320
EST:     CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATT                         GTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC
genomic: CTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 359

GTCTGTTAATGTTGCACTGACACTGAGATACGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTCCTGACACTGTTCTATATTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 276

GTCTGTTAATGTTGCACTGACACTGAGATACGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTCCTGACACTGTTCTATATTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 318

GTCTGTTAATGTTGCACTGACACTGAGATACGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTCCTGACACTGTTCTATATTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 242

GTCTGTTAATGTTGCACTGACACTGAGATACGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... tttattgcagGTTATCGCAGGTCTCTGGCTCTTTTCAGTTCTTGGGAGCTGTTGCAACTTCCTGACACTGTTCTATATTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCTGTTAATGTTGCACTGACACTGAGATACGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTGAGGGAGATTGGACATGGACACGATCTAAAGAAATTCCTAATTgtatgttggttctctttgggcattttgtgcctagtgtgtgtgtggatattcttggtatcgagctgatgtcctgcaattttgcttttctttattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA