Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTCCGCCAAGGTTTTGAGAAGCGATTCAGTGTCCTGCACATATCCAATATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagtttccttttaaaattgaaagtttatgtatgtgaaatgatacttttaactatgtgattactagtagctacttgagaaactgttataactagacctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G300944_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G300944_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g49180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CTTTCCGCCAAGGTTTTGAGAAGCGATTCAGTGTCCTGCACATATCCAATATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagttt----ccttttaaaattgaaagtttatgtatgtgaaatgatacttttaact----atgtgattactagtagctacttgagaaactgttataactagacctt
|| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || |  ||||||||||    ||   |||| |    ||| |   ||| || ||| | |    | ||     |||  |||| | ||       |   | | |  |||   |       
CTCTTCGCCAAGGTTTTGAGAAACGATTCAGTGTCCTGCACATATCCAATATGATACTTGCTATCGGCAGTATGATCTTCCATGCCACCTTACAGCACGTgtaagtttttctccccctaaactcatcagtattgatat-tgcaataacatcactgaccttcaatgctattaatggtgctgctctccaagaatactattttt-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148965554|gb|EE016382.2|EE016382
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGT                         CCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagtttcc ... tgttttccagCCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
EST: gi|78108960|gb|DV527377.1|DV527377
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGT                         CCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagtttcc ... tgttttccagCCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
EST: gi|74245190|gb|DT653104.1|DT653104
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGT                         CCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagtttcc ... tgttttccagCCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
EST: gi|211393645|gb|FL322584.1|FL322584
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGT                         CCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagtttcc ... tgttttccagCCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
EST: gi|71445861|gb|DR826911.1|DR826911
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGT                         CCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagtttcc ... tgttttccagCCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
EST: gi|91877863|gb|EB407820.1|EB407820
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGT                         CCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTTCATGCCACCTTGCAACTTGTgtaagtttcc ... tgttttccagCCTACAACAGAGTGACGAGACTCCAATGGTCTGGGAGATCCTTCTTTATAT