1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ATTGGGGGAGCTAGCGAAGCAGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGTATTGTACCAGgtaatgtatcatttgaatatttgatgttcacgggatgttcatgctgatttcctttgtgttattcctactgatctcctgttgcatcagtatgcctgatagtcatctttaattgtatatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G111477_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTTGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGAEST: gi|74236027|gb|DT643941.1|DT643941
genomic: TGTTGAAGAGGGTATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtatatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGA
EST: TGTTGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGAEST: gi|113703063|gb|EE680567.1|EE680567
genomic: TGTTGAAGAGGGTATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtatatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGA
EST: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCCGTTGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGAEST: gi|67018599|gb|CO447348.1|CO447348
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGTATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtatatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGA
EST: GGTATTGTACCAG GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGAEST: gi|60394542|gb|DN227412.1|DN227412
genomic: GGTATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtatatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGA
EST: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCCGTTGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGAEST: gi|211121936|gb|FL439136.1|FL439136
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGTATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtatatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGA
EST: GGGTATTGTACCAG GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGA
genomic: GGGTATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtatatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTTGATAAATTGCAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTGGGGGAGCTAGCGAAGCAGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGTATTGTACCAGgtaatgtatcatttgaatatttgatgttcacgggatgttcatgctgatttcctttgtgttattcctactgatctcctgttgcatcagtatgcctgatagtcatctttaattgtatatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG