1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GTGTTGGAGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcctgattcctttggctagctcattctttacggtatctggctgaaataattgaaatgctcgaaactttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G097421_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|101399470|gb|EB821607.1|EB821607
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|149012854|gb|EE042696.2|EE042696
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|94478878|gb|EB707836.1|EB707836
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: GGCTATGGGTACCCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGCGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTEST: gi|211193189|gb|FK988934.1|FK988934
genomic: GGCTATGGGTACC-TCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTT
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACRA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|71305814|gb|DR789035.1|DR789035
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|211193198|gb|FK988943.1|FK988943
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TTCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|91048854|gb|EB159272.1|EB159272
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|211193195|gb|FK988940.1|FK988940
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|74236901|gb|DT644815.1|DT644815
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|149101364|gb|EE187481.2|EE187481
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|148951157|gb|EC896836.2|EC896836
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|148947645|gb|EC893125.2|EC893125
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|74244190|gb|DT652104.1|DT652104
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|148942011|gb|EC887002.2|EC887002
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|71416856|gb|DR803834.1|DR803834
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|148972078|gb|EE022933.2|EE022933
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|149005298|gb|EE039847.2|EE039847
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|149070089|gb|EE158489.2|EE158489
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|91050129|gb|EB160547.1|EB160547
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|211193191|gb|FK988936.1|FK988936
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGATACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|149013793|gb|EE043260.2|EE043260
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|148948891|gb|EC894305.2|EC894305
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|211193199|gb|FK988944.1|FK988944
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|94477226|gb|EB706184.1|EB706184
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|211190794|gb|FK988929.1|FK988929
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|101394371|gb|EB819120.1|EB819120
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|33285537|gb|CF075332.1|CF075332
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|71446398|gb|DR827448.1|DR827448
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGAGTGGCGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCCTEST: gi|78079716|gb|DV508128.1|DV508128
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGC-T
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|71446399|gb|DR827449.1|DR827449
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|76012865|gb|DT940035.1|DT940035
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA CGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTAEST: gi|50323304|gb|CO518430.1|CO518430
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGTTGGAGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcctgattcctttggctagctcattctttacggtatctggctgaaataattgaaatgctcgaaactttgcag
- - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA