Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGTTTTTTAAGCAAGAAATGGAACTCTCCCTGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatcaactcagtcaagatacattaccatgttatctggtgttttgattttaattcatggcttctgtgctttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G089454_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G089454_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g49980.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CTTGTTTTTTAAGCAAGAAATGGAACTCTCCCTGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatcaactcag------tcaagatacattaccatgtta-tctggtgttt--tgattttaattcatggcttctgtgctttgcag
||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||| || |       |  |  ||  ||||||| ||| | |  ||  |  || ||||||||| | |||    |||||  |||
CTTGTTTTTCAAGCAGGAGATGGAGCTCTCCCTGGTTGGCCTGCAGAATGCTGGGAAAACATCACTAGTTAATGCTGTTGCTgtatgtatcatctaacggaatctttatttatcttaccattttaatgttatgcctggtggttttaattcgttgctggcatgcttctcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211065338|gb|FL151744.1|FL151744
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065340|gb|FL151746.1|FL151746
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065346|gb|FL151752.1|FL151752
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065347|gb|FL151753.1|FL151753
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211078877|gb|FL255316.1|FL255316
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518201|gb|FL151739.1|FL151739
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211210689|gb|FL096715.1|FL096715
EST:     TGGTTGGCTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211073404|gb|FL255297.1|FL255297
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518202|gb|FL151740.1|FL151740
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518193|gb|FL151731.1|FL151731
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518192|gb|FL151730.1|FL151730
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211078878|gb|FL255317.1|FL255317
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518204|gb|FL151742.1|FL151742
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518190|gb|FL151728.1|FL151728
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518196|gb|FL151734.1|FL151734
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211068105|gb|FL151761.1|FL151761
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518199|gb|FL151737.1|FL151737
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065349|gb|FL151755.1|FL151755
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGGTTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|60338272|gb|DN205245.1|DN205245
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211068106|gb|FL151762.1|FL151762
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211076131|gb|FL255301.1|FL255301
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065345|gb|FL151751.1|FL151751
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518200|gb|FL151738.1|FL151738
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065350|gb|FL151756.1|FL151756
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518197|gb|FL151735.1|FL151735
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518203|gb|FL151741.1|FL151741
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211078881|gb|FL255320.1|FL255320
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065343|gb|FL151749.1|FL151749
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065342|gb|FL151748.1|FL151748
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065351|gb|FL151757.1|FL151757
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATTATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211033084|gb|FL322683.1|FL322683
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065341|gb|FL151747.1|FL151747
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065344|gb|FL151750.1|FL151750
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211068102|gb|FL151758.1|FL151758
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065339|gb|FL151745.1|FL151745
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211068103|gb|FL151759.1|FL151759
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211068104|gb|FL151760.1|FL151760
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518195|gb|FL151733.1|FL151733
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211518194|gb|FL151732.1|FL151732
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|58029961|gb|CX725388.1|CX725388
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT
EST: gi|211065348|gb|FL151754.1|FL151754
EST:     TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCT                         ACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACC
genomic: TGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 123

CTTGTTTTTTAAGCAAGAAATGGAACTCTCCCTGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 137

CTTGTTTTTTAAGCAAGAAATGGAACTCTCCCTGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 77

CTTGTTTTTTAAGCAAGAAATGGAACTCTCCCTGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT


Block sizes: 48 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 34

CTTGTTTTTTAAGCAAGAAATGGAACTCTCCCTGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatca ... tgctttgcagACAGGTGGCTACAGTGAGGACATGATTCCAACT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTGTTTTTTAAGCAAGAAATGGAACTCTCCCTGGTTGGGTTGCAGAATGCTGGGAAGACATCGCTGGTCAATGCTGTTGCTgtatgcatcaactcagtcaagatacattaccatgttatctggtgttttgattttaattcatggcttctgtgctttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT