1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G056572_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|76290021|gb|DV029589.1|DV029589
genomic: TTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|26558429|gb|CA830664.1|CA830664
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|5296366|gb|AI783136.1|AI783136
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|149106821|gb|EE188718.2|EE188718
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|94472146|gb|EB701104.1|EB701104
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|67024109|gb|CO452858.1|CO452858
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|76288715|gb|DV028283.1|DV028283
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|60351289|gb|DN218262.1|DN218262
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|31406344|gb|CD485076.1|CD485076
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGGGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|76917080|gb|DV166669.1|DV166669
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|101386844|gb|EB815439.1|EB815439
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|74237808|gb|DT645722.1|DT645722
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|211062962|gb|FL387714.1|FL387714
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|60359261|gb|DN226234.1|DN226234
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|5846990|gb|AW000069.1|AW000069
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|71448387|gb|DR829437.1|DR829437
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|50323711|gb|CO518837.1|CO518837
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|91051774|gb|EB162192.1|EB162192
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|149111016|gb|EE294515.2|EE294515
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|32796634|gb|CD948870.1|CD948870
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAEST: gi|37425087|gb|CF650279.1|CF650279
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|211187859|gb|FL425729.1|FL425729
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|60394530|gb|DN227400.1|DN227400
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|22133680|gb|BQ833845.1|BQ833845
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|87156931|gb|DY401720.1|DY401720
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|67021956|gb|CO450705.1|CO450705
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|211113689|gb|FL397728.1|FL397728
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|211209068|gb|FL368391.1|FL368391
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|211142820|gb|FL374557.1|FL374557
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAEST: gi|76931265|gb|DV172687.1|DV172687
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG