Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGACTTGATTTTAGATAAAACTGCAGATGACTCATTTGATGAGATGTATAATGGGAAAGCTTCACCATTTGCTTCATTTGTGGACTACTACCATCAAAAgtagttgctcatttttaattttgtcaattcaaggatggatccactatgttatgcttgctcactaatttctccgttctcaactatatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G413853_T02
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G413853_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os10g34430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 15
TTGACTTGATTTTAGATAAAACTGCAGATGACTCATTTGATGAGATGTATAATGGGAAAGCTTCACCATTTGCTTCATTTGTGGACTACTACCATCAAAAgtagttgctcattttta---attttgtcaattcaaggatggatccactatgttatgcttgctcactaatttctccgttctcaactatatgtag
|||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||   || |  | | ||| || |  | ||  || |  ||||  | || |  || || ||  |  |||  |   |||||
TTGATTTGATCTTAGACACAACTGCAGAGGACTCGTTTGATGAGATGTGTAAGGGGAAAGCCTCACCTTTTACTTCATTTGTGGACTATTACCATCAAAAgtacttcctcttttttatatatatatttatttctagtactgctctgctcttgtatgtgtcctgatgaactt-tctttcttcacttcattgtag