Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCAAATTGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcctggatttccttatttttgtgtagcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatatttcgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G381933_T04
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G381933_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g15490.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTTCAAATTGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcctggatttccttatttt-tgtgtagcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatattt--cgtgcag
||| |||||||  ||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||     | |  | ||||||| | ||| |   |  ||   ||   |      ||||     | | | || | |||  |||||||
GTTAAAATTGCCCCAGTGGTTGCAAAACTATGCATAGATTTTTCTGATGTATACATAGgtatgatttgatgctcccattattttctttgtggg--aaatgattttgcaaaatttctgatctgg-tggttaatgtttttgacgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50332159|gb|CO527285.1|CO527285
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|211222853|gb|FL456563.1|FL456563
EST:     CTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTCTGAATCTTACTGGAA
genomic: CTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|4628225|gb|AI619099.1|AI619099
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60359540|gb|DN226513.1|DN226513
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|71767360|gb|DR965297.1|DR965297
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60396268|gb|DN229137.1|DN229137
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|33285569|gb|CF075364.1|CF075364
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGNTTACATAG                         GGGGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTG
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTG
EST: gi|5706282|gb|AI942058.1|AI942058
EST:     GATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: GATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60351624|gb|DN218597.1|DN218597
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|71756800|gb|DR954737.1|DR954737
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTTTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|78087486|gb|DV515879.1|DV515879
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTTGGT-GTGAATCTTACT
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTT-GGTTGTGAATCTTACT
EST: gi|60394781|gb|DN227651.1|DN227651
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|8516501|gb|BE123226.1|BE123226
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGGTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|211076372|gb|FL154532.1|FL154532
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGT
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGT
EST: gi|71767359|gb|DR965296.1|DR965296
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|74242521|gb|DT650435.1|DT650435
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|37386793|gb|CF630585.1|CF630585
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|211222854|gb|FL456564.1|FL456564
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTCTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|8665487|gb|BE186303.1|BE186303
EST:     TGCTTCAGTCCCTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|60351898|gb|DN218871.1|DN218871
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA
EST: gi|211035729|gb|FL441186.1|FL441186
EST:     TGCNTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTCTGAATCTTACTGGAA
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTGTGAATCTTACTGGAA