Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCAAATTGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcctggatttccttatttttgtgtagcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatatttcgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G381933_T02
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G381933_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g15490.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTTCAAATTGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcctggatttccttatttt-tgtgtagcttatgtgcccttttgacccgcttgattaaacttggtgatatattt--cgtgcag
||| |||||||  ||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||     | |  | ||||||| | ||| |   |  ||   ||   |      ||||     | | | || | |||  |||||||
GTTAAAATTGCCCCAGTGGTTGCAAAACTATGCATAGATTTTTCTGATGTATACATAGgtatgatttgatgctcccattattttctttgtggg--aaatgattttgcaaaatttctgatctgg-tggttaatgtttttgacgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33285569|gb|CF075364.1|CF075364
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGNTTACATAG                         GGGGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTG
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTGGTTG
EST: gi|211076372|gb|FL154532.1|FL154532
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGT
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGT
EST: gi|78087486|gb|DV515879.1|DV515879
EST:     TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAG                         GGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTTTGGT-GTGAATCTTACT
genomic: TGCTTCAGTCCTTGCAAAACTGTGCTTAGAGTTTTCTGATGTTTACATAGgtatgatgcc ... tttcgtgcagGGTGTCATCGGATATCAAGAGCTGGTCCTTT-GGTTGTGAATCTTACT