Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgtgcaccgctaagctcctggtcctggctcgcacgaatcttaaatctttgcgcataacgtttggactaattgcaattccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G065757_T02
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G065757_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgtgcaccgctaagctcctggtcctggctcgcacgaatcttaaatctttgcgcataacgt-ttggactaat------tgcaattc-cag
|| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |  ||||   | || | | ||     |    | |  ||| | |  ||||  |   |    | || |||| ||      | |||||  |||
TATATTCTGAAGGTTGGTGAAGGAGCTGCTGCCCAGTGCATCAGTGGATTCACAGCCATGGACATCCCTCCTCCCCGTGGTCCTCTCTGgtaaa-ctatgcatttccaaacccttgaattagcagtgaaataatttcacttcttgtcatttttgatctttgactgatgcaccctacaatttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32924474|gb|CF029286.1|CF029286
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|213167748|gb|FM184910.1|FM184910
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|60398261|gb|DN231077.1|DN231077
EST:     TATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: TATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32924624|gb|CF029436.1|CF029436
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32924176|gb|CF028988.1|CF028988
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|86856157|gb|DY307168.1|DY307168
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32929252|gb|CF034064.1|CF034064
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|33096169|gb|CF056163.1|CF056163
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32828409|gb|CD968087.1|CD968087
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|213179239|gb|FM192959.1|FM192959
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923819|gb|CF028631.1|CF028631
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|12969153|gb|BG266098.1|BG266098
EST:     CGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: CGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32832894|gb|CD972572.1|CD972572
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32833573|gb|CD973251.1|CD973251
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|211092713|gb|FK945553.1|FK945553
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACANCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|31354952|gb|CD439309.1|CD439309
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTAC
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTAC
EST: gi|67038995|gb|CO465250.1|CO465250
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923624|gb|CF028436.1|CF028436
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32918238|gb|CF023050.1|CF023050
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|213179820|gb|FM194304.1|FM194304
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923728|gb|CF028540.1|CF028540
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32912159|gb|CF016971.1|CF016971
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|16919046|gb|BM074015.1|BM074015
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGCTTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|32923740|gb|CF028552.1|CF028552
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|211361839|gb|FL432808.1|FL432808
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACANCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|21621076|gb|BQ619082.1|BQ619082
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|33096659|gb|CF056653.1|CF056653
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|33096356|gb|CF056350.1|CF056350
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|47962340|gb|CN845049.1|CN845049
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|60337171|gb|DN204144.1|DN204144
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|38229766|gb|CF920079.1|CF920079
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCNACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
EST: gi|61119127|gb|DN560088.1|DN560088
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCATCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgtaaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG