Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|50332522|gb|CO527648.1|CO527648EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|67015714|gb|CO444463.1|CO444463EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|20337031|gb|BQ172661.1|BQ172661EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|211214700|gb|FL050038.1|FL050038EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGSCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|88754093|gb|DY538234.1|DY538234EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGTTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|60353987|gb|DN220960.1|DN220960EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|5005834|gb|AI711896.1|AI711896EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|78545117|gb|DV622615.1|DV622615EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST:
gi|60356883|gb|DN223856.1|DN223856EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
TTTGGCATACAGAACCTTCTTATCGATACTCGTGGAGTACATGATGTATTCAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctctcaccatattctgtctccatcataattttgttatgggaagatactagatacctaaagtattgttctggtttaactttgtatgattttgagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT