Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTCTGCCAAGGTTTTGAGAAACGATTTAGTGTCCTGCACATATCCAATATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagttttctcttaaattgacagttttttatgtttatgtgaaatgacacttttaactttgtggttactggtacctacatgagaaactgttataagggct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G180982_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G180982_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g49180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CTTTCTGCCAAGGTTTTGAGAAACGATTTAGTGTCCTGCACATATCCAATATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagtttt----ctcttaaattgacagttttttatgtttatgtgaaatgac--acttttaactttgtggttactggtacctacatgagaaactgttataagggct
|| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |   ||||||||||    | | |||| | |    | || || ||    | | || ||  || || ||   | |   |  || | |   |     | ||| || |       
CTCTTCGCCAAGGTTTTGAGAAACGATTCAGTGTCCTGCACATATCCAATATGATACTTGCTATCGGCAGTATGATCTTCCATGCCACCTTACAGCACGTgtaagtttttctccccctaaactcatcagtattgatattgcaataacatcactgaccttcaatgctattaatggtgctgctctccaagaatactattttt------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|44901288|gb|CK827833.1|CK827833
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCT                         CCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTAAAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagttttc ... tgttttgcagCCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
EST: gi|78123456|gb|DV541840.1|DV541840
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCT                         CCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagttttc ... tgttttgcagCCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
EST: gi|71323555|gb|DR798443.1|DR798443
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCT                         CCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagttttc ... tgttttgcagCCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
EST: gi|86466210|gb|DY232583.1|DY232583
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCT                         CCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagttttc ... tgttttgcagCCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
EST: gi|76925699|gb|DV170557.1|DV170557
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCT                         CCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagttttc ... tgttttgcagCCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
EST: gi|89761207|gb|DY689317.1|DY689317
EST:     ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCT                         CCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT
genomic: ATGATACTTGCTATTGGGAGTATGATTTTCCATGCCACCTTGCAACTTCTgtaagttttc ... tgttttgcagCCTACAACAGAGTGATGAGACTCCTATGGTTTGGGAGATCCTTCTCTACAT