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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataattgagccttttccggcactctgtctgttgttacctgccaatgccggcgttatatttggatagatcgcgaactgtgggtgttgcctgggtcag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G179976_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G179976_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os08g03640.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataattgagccttttccggcactctgtctgttgttacctgccaatgccggcgttatatttggatagatcgcgaactgtgggtgttgcctgggtcag---
                               || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||    |    | |   |||        |     |   ||      ||  |  ||   ||| |   |     || |  ||   |||||      
-------------------------------GGAAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgt--ataactggcattcaatctgtgttctagactgcatggatagtagattgtattgtggtgattctgtagtttttgttgaatgtg-attcattgggttgcacg

upper sequence: GRMZM2G179976_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os12g03880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataattgagccttttccggcactctgtctgttgttacctgccaatgccggcgttatatttggatagatcgcgaactgtgggtgttgcctgggtcag---
                               || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||            |  || ||  |   |       |    |   |  | |     | ||| |  |   |        |||  |  |      
-------------------------------GGTAACGTTGGTCTCATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgt--ataatcgatagccaagtacaaggctatcgatctctgttcaatacatacactgcaagaacataacagaaca-gtgttcaataaactgcaagaatagaaaa

upper sequence: GRMZM2G179976_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os11g04070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataattgagccttttccggcactctgtctgttgttacctgccaatgccggcgttatatttggatagatcg--cgaactgtgggtgttgcctgggtcag
                               || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||      |  | |  | | |   || |||   |   |    |     |  |       |    | ||||        |  | |||   |||  | |  |  
-------------------------------GGAAACGTTGGTCTCATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAAGAGGTCGCCAAGTACAAGgttggctttcaatctgtgttcaatacactgcaaga-atagattagtgttttcaatacactgcaagaataggatagtttagttatggtgattgtgtagtact-

upper sequence: GRMZM2G179976_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ38349 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataattgagccttttccggcactctgtctgttgttacctgccaatgccggcgttatatttggatagatcgcgaactgtgggtgttgcctgggtcag
                               || |||||||| || ||||| |||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||||||||||||      ||     |  ||    | || |  ||    ||  |||    |                                                  
-------------------------------GGAAACGTTGGACTGATCTTTACCAAGGGCGATCTCAAAGAAGTTCGTGAGGAAGTCGCCAAGTACAAGgtatgatctttgttttcgtctttgaatcggcttgaatatatttgctccag--------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213191199|gb|FM183586.1|FM183586
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|22935632|gb|BU571907.1|BU571907
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31611969|gb|CD568591.1|CD568591
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|30306508|gb|CD001181.1|CD001181
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31997723|gb|CD661740.1|CD661740
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|32908336|gb|CF013149.1|CF013149
EST:     CCAAGGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCCGAGGAGGTCGGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGNCGTG
genomic: CCAAGGG-AGACCTCAAGGAGGTGCGC-GAGGAGGTCG-CCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31663966|gb|CD573146.1|CD573146
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|150037307|gb|DY843515.1|DY843515
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31558740|gb|CD527952.1|CD527952
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|30032009|gb|CB833860.1|CB833860
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGT
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGT
EST: gi|30705241|gb|CD058712.1|CD058712
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31911028|gb|CD651720.1|CD651720
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31355609|gb|CD439966.1|CD439966
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31664001|gb|CD573181.1|CD573181
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31911046|gb|CD651729.1|CD651729
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|211167812|gb|FL157561.1|FL157561
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|89759586|gb|DY688366.1|DY688366
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|30088346|gb|CB886551.1|CB886551
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|32943062|gb|CF047881.1|CF047881
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|32942938|gb|CF047757.1|CF047757
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATAA-GAAAGT
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTC-GT
EST: gi|32906946|gb|CF011759.1|CF011759
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|32943216|gb|CF048035.1|CF048035
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGATGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31405629|gb|CD484361.1|CD484361
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|6021340|gb|AW066268.1|AW066268
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|5499082|gb|AI854949.1|AI854949
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|32944464|gb|CF049283.1|CF049283
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGCGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31997903|gb|CD661825.1|CD661825
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|148948236|gb|EC893752.2|EC893752
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|32164937|gb|CD670255.1|CD670255
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|20802718|gb|BQ293768.1|BQ293768
EST:     CACCAAGGGAGACCTCAAGGATGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: CACCAAGGGAGACCTCAAGGA-GGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|32908351|gb|CF013164.1|CF013164
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|211130509|gb|FL212771.1|FL212771
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGC
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGC
EST: gi|33093408|gb|CF053402.1|CF053402
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|26456447|gb|CA828030.1|CA828030
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|30087122|gb|CB885330.1|CB885330
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|91867484|gb|EB399707.1|EB399707
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|94479985|gb|EB708943.1|EB708943
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31998556|gb|CD662131.1|CD662131
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31663978|gb|CD573158.1|CD573158
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
EST: gi|31406408|gb|CD485140.1|CD485140
EST:     TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAG                         GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG
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EST: gi|67019587|gb|CO448336.1|CO448336
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genomic: TCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 316

CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 233

CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 123

CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 280

CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataatt ... tttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CACCTTTGACCCGCTCATGGACCTGCTCGTCGGCAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGAGACCTCAAGGAGGTGCGCGAGGAGGTCGCCAAGTACAAGgtgaataattgagccttttccggcactctgtctgttgttacctgccaatgccggcgttatatttggatagatcgcgaactgtgggtgttgcctgggtcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG