1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TACAGATGCCATAATCCCAGTTACATCCACCCGGTACAGTGTAGATGCTCTCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttcttaattgaatgaactgtttcccccagttttcatattatatattgcaggccaggaattaatacaatggtgttaaacatgcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0037g00740.t01 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCAAGCTTCCAACGGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAG GTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGGEST: gi|351015461|gb|FQ447290.1|FQ447290
genomic: TCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttctt ... aaacatgcagGTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
EST: TCAAGCTTCCAACGGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAG GTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGGEST: gi|110424919|gb|EC991294.1|EC991294
genomic: TCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttctt ... aaacatgcagGTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
EST: CAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAG GTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGGEST: gi|110419335|gb|EC985553.1|EC985553
genomic: CAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttctt ... aaacatgcagGTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
EST: TCAAGCTTCCAACGGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGATGATGGACAG GTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGGEST: gi|29785466|gb|CB342476.2|CB342476
genomic: TCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttctt ... aaacatgcagGTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
EST: TCAAGCTTCCAACGGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAG GTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGGEST: gi|351022774|gb|FQ428683.1|FQ428683
genomic: TCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttctt ... aaacatgcagGTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
EST: TCAAGCTTCCAACGGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAG GTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGGEST: gi|110361863|gb|EC925365.1|EC925365
genomic: TCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttctt ... aaacatgcagGTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
EST: TCAAGCTTCCAACGGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAG GTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
genomic: TCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttctt ... aaacatgcagGTGGGAGGATGGAGCCAAGAGTATGCGGGGCTTACTTTTGTTACAGTGAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TACAGATGCCATAATCCCAGTTACATCCACCCGGTACAGTGTAGATGCTCTCAAGCTTCCAACAGTGGGCCCATGGCGTGCTTGGTATGACGATGGACAGgtaatttcttaattgaatgaactgtttcccccagttttcatattatatattgcaggccaggaattaatacaatggtgttaaacatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA