1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
TGAGCTCAGGGAAAGAATTGAGAAACTTGCTTCGTCCCTTAAGTTTCCCTTAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttctttctggtatattgtattgcacttcttttgtatgtgcctcattgcgttcactttgttttgaatatagcttcccatcttatttttcgtatt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0046g02040.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|30304044|gb|CB980838.1|CB980838
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTGTATGACACAEST: gi|351052220|gb|FQ452374.1|FQ452374
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|351043081|gb|FQ451254.1|FQ451254
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|351012828|gb|FQ430391.1|FQ430391
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|351045038|gb|FQ449292.1|FQ449292
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATGGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|30304107|gb|CB980901.1|CB980901
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTGTATGACACAEST: gi|351040629|gb|FQ438173.1|FQ438173
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|351033796|gb|FQ447834.1|FQ447834
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|349820667|gb|FQ408496.1|FQ408496
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|351044625|gb|FQ443156.1|FQ443156
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|351043828|gb|FQ452622.1|FQ452622
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGGTGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACAEST: gi|351029807|gb|FQ427647.1|FQ427647
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAGCTCAGGGAAAGAATTGAGAAACTTGCTTCGTCCCTTAAGTTTCCCTTAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttctttctggtatattgtattgcacttcttttgtatgtgcctcattgcgttcactttgttttgaatatagcttcccatcttatttttcgtatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA