Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCAAAGCCGGAGGGATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatttctcttcccaagccagtttgttcactggtacattttgaaggaagtatgatttgtgatagccattagtactttcagtggcctattttagtt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g03460.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32265262|gb|CD716851.1|CD716851
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|30328832|gb|CD012094.1|CD012094
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|110711458|gb|EE087963.1|EE087963
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|294967224|gb|GW840099.1|GW840099
EST:     GGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|71863133|gb|DT012188.1|DT012188
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|110373710|gb|EC938001.1|EC938001
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTAAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|71863496|gb|DT012551.1|DT012551
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|71873064|gb|DT022119.1|DT022119
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTAAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|110702369|gb|EE081005.1|EE081005
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAA                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAA-CAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|352781444|gb|FQ468288.1|FQ468288
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|352768395|gb|FQ469571.1|FQ469571
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAG                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA
EST: gi|110710321|gb|EE086552.1|EE086552
EST:     GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTA-AGAAGAAC                         CCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCCGCCACAAAGAACCAAA-GTTTGACAA
genomic: GATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatt ... ctgtatacagCCTTCCATGGCAGGGTTTAAAGGCTGCCACAAAGAAGCAAAAGTATGACAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCAAAGCCGGAGGGATGATTTGGAGTCGCTTGGATATGTACTTCTATATTTTTTGAGAGGAAGgtatgccatttctcttcccaagccagtttgttcactggtacattttgaaggaagtatgatttgtgatagccattagtactttcagtggcctattttagtt

- - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaggaag