1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AATTTCAAGTGATGGTGTCTGGGATGCTTTATCACCTGAAATGGCTTTTGATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAGgtgtgcaatgaacaactttttagtatttatttggcaacattttcaaaaattatttttttaaaacagatcttaaaaattatttttcaaaattttgtttgga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0001g10700.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAG GAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACAACTTCCATTGTGATTEST: gi|110398997|gb|EC965481.1|EC965481
genomic: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAGgtgtgcaatg ... caattttcagGAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACAACTTCCATTGTGATT
EST: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAG GAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACAACTTCCATTGTGATTEST: gi|161713118|gb|FC064293.1|FC064293
genomic: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAGgtgtgcaatg ... caattttcagGAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACAACTTCCATTGTGATT
EST: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAG GAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACAACTTCCATTGTGATTEST: gi|161707226|gb|FC056411.1|FC056411
genomic: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAGgtgtgcaatg ... caattttcagGAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACAACTTCCATTGTGATT
EST: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAG GAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACCACTTCCATTGTGATT
genomic: ATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAGgtgtgcaatg ... caattttcagGAAGCTTTACATGTAAAGGGACTGCGAGATGATACAACTTCCATTGTGATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATTTCAAGTGATGGTGTCTGGGATGCTTTATCACCTGAAATGGCTTTTGATTGTTGTCGTGGGATGCCGGCAGATGCAGCAGCTACTCAAGTTGTTAAGgtgtgcaatgaacaactttttagtatttatttggcaacattttcaaaaattatttttttaaaacagatcttaaaaattatttttcaaaattttgtttgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaacaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttaaaaa