1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
AAATATGAAAGCTCGGGTGATTGGATGCCCAAAGACCATTGATGGTGATTTGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctacatatccattcaacgtttacacttacaaatctgtgtgtacatcagattgtgcacatttttttaaggatctgaagctaattatgtactgaat...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv10s0116g00360.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGGCA-G ATTTATGCAGAAATGEST: gi|37183710|gb|CF603064.1|CF603064
genomic: GAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATG-CAAGgtgattctac ... aaccatgcagATTTATGCAGAAATG
EST: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAG ATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGAEST: gi|110730531|gb|EE107719.1|EE107719
genomic: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctac ... aaccatgcagATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGA
EST: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAG ATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGAEST: gi|71865073|gb|DT014128.1|DT014128
genomic: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctac ... aaccatgcagATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGA
EST: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAG ATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGAEST: gi|110730571|gb|EE107799.1|EE107799
genomic: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctac ... aaccatgcagATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGA
EST: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAG ATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGAEST: gi|161714537|gb|FC062987.1|FC062987
genomic: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctac ... aaccatgcagATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGA
EST: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAG ATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGAEST: gi|110698469|gb|EE075999.1|EE075999
genomic: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctac ... aaccatgcagATTTATGCAGAAATGATTGGGAATGTCATGATAGATGCTCGCTCAACTGGA
EST: TGAA-TGCNAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCNAG ATTTATGCAGAAATGATTGGGA
genomic: TGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctac ... aaccatgcagATTTATGCAGAAATGATTGGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAATATGAAAGCTCGGGTGATTGGATGCCCAAAGACCATTGATGGTGATTTGAAATGCAAGGAGGTTCCCACAAGTTTTGGATTTGATACTGCATGCAAGgtgattctacatatccattcaacgtttacacttacaaatctgtgtgtacatcagattgtgcacatttttttaaggatctgaagctaattatgtactgaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG