1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TCTCGTAGCTCTGCGCTGTGTTGATCCAAACTCACAGAAGCGGCCAAAAATGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatccatttctactttaaatttaagtcaaatatggcacttaggcacatgtggactactaacaaattacatttaaccaacaaatgctaacaaaata...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0031g00480.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGAT GATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGGEST: gi|110695265|gb|EE073082.1|EE073082
genomic: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatcc ... tttatattagGATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
EST: TGGGGCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGAT GATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGGEST: gi|110420367|gb|EC986639.1|EC986639
genomic: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatcc ... tttatattagGATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
EST: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGAT GATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGGEST: gi|110429562|gb|EC996058.1|EC996058
genomic: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatcc ... tttatattagGATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
EST: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGAT GATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGGEST: gi|22014158|gb|BQ799192.1|BQ799192
genomic: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatcc ... tttatattagGATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
EST: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGAT GATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGGEST: gi|30297605|gb|CB974399.1|CB974399
genomic: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatcc ... tttatattagGATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
EST: TGGGGCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGAT GATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGGEST: gi|110695044|gb|EE072613.1|EE072613
genomic: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatcc ... tttatattagGATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
EST: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGAT GATCGCAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
genomic: TGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatcc ... tttatattagGATCGTAGAGCAGGGAGAGATTCAGTACGTGCACATCGTGACAGCCCAAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCTCGTAGCTCTGCGCTGTGTTGATCCAAACTCACAGAAGCGGCCAAAAATGGGTCATGTTATACATATGCTTGAAGCTGAAGAATCCCCCTTCAGAGATgtatgcatccatttctactttaaatttaagtcaaatatggcacttaggcacatgtggactactaacaaattacatttaaccaacaaatgctaacaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagtcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaaaa