1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCCTGTGATAGTGAACAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttctcttcttttcaaataaaaataatgtgcatctttttatgagcaatgaagttggagcccttacctgctctttatgcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0233g00060.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCEST: gi|110691846|gb|EE070412.1|EE070412
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCEST: gi|110393316|gb|EC958469.1|EC958469
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: TTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCEST: gi|110426428|gb|EC992837.1|EC992837
genomic: TTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCEST: gi|110413417|gb|EC979202.1|EC979202
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCEST: gi|110372425|gb|EC936588.1|EC936588
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGCGATGGTGATGGCCAAAG GCACTTAAATGCTTCAATGAAGAATAATGAAACAGATAGTACATTGGGTTC
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCCTGTGATAGTGAACAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttctcttcttttcaaataaaaataatgtgcatctttttatgagcaatgaagttggagcccttacctgctctttatgcag
- - - - - - - - AAGATG