1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AGCTACCTTTTCTGGAGAAGATGCATATACCATGAGTGAAGCCAAGGAAGAAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagcctataaaatatatatatatatatgtatgtatgtatgtatgtgtatgtatgtatgcatatgtatgtatgtatgtatatataaaattgaggg...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0068g00220.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAG TGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAAEST: gi|77586427|gb|DV222339.1|DV222339
genomic: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagc ... tgtatttcagTGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAA
EST: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAG TGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACEST: gi|37187675|gb|CF607028.1|CF607028
genomic: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagc ... tgtatttcagTGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGAC
EST: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAG TGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAAEST: gi|87586086|gb|DY474543.1|DY474543
genomic: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagc ... tgtatttcagTGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAA
EST: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAG TGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACACTAAAEST: gi|110421499|gb|EC987796.1|EC987796
genomic: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagc ... tgtatttcagTGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAA
EST: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAG TGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAAEST: gi|30127269|gb|CB912608.1|CB912608
genomic: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagc ... tgtatttcagTGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAA
EST: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAG TGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAAEST: gi|110390588|gb|EC955507.1|EC955507
genomic: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagc ... tgtatttcagTGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAA
EST: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAG TGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACACTAAA
genomic: AAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagc ... tgtatttcagTGTGATCTGCTGGATATGCCTGCAGTAGGACAATTGGAGAAAGACGCTAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCTACCTTTTCTGGAGAAGATGCATATACCATGAGTGAAGCCAAGGAAGAAGCTGTCCGCACTATTATGGAATTTGTGAGGGCACCAGACATGTTTCAGgtatttgagcctataaaatatatatatatatatgtatgtatgtatgtatgtgtatgtatgtatgcatatgtatgtatgtatgtatatataaaattgaggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tataaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaattga