1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AATGAACTGTCTGGTTTCTGAACTTGCTGATGTAGCAGCACAGGAGAGAGCAAAACTTGATGAGTGTGAAGCTCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAGgtgagaacaacaataaatagttgtaaacttttatgcataaagaggtaaaaataaaaatttaaaaaaattaaaaaaaaaaaaaaaagaaaagagaaagaaa...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0037g00560.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAAAACTTGATGAGTGTGAAGCCCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAG GTAGAAGAATACAGCCTTAGGACCCATCTCACTCAATTGAAACAAACCTTGEST: gi|71885067|gb|DT034122.1|DT034122
genomic: CAAAACTTGATGAGTGTGAAGCTCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAGgtgagaacaa ... gcttaagcagGTAGAAGAATACAGCCTTAGGACCCATCTCACTCAATTGAAACAAACCTTG
EST: CAAAACTTGATGAGTGTGAAGCCCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAG GTAGAAGAATACAGCCTTAGGACCCATCTCACTCAATTGAAACAAACCTTGEST: gi|110402337|gb|EC959903.1|EC959903
genomic: CAAAACTTGATGAGTGTGAAGCTCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAGgtgagaacaa ... gcttaagcagGTAGAAGAATACAGCCTTAGGACCCATCTCACTCAATTGAAACAAACCTTG
EST: CAAAACTTGATGAGTGTGAAGCCCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAG GTAGAAGAATACAGCCTTAGGACCCATCTCACTCAATTGAAACAAACCTTG
genomic: CAAAACTTGATGAGTGTGAAGCTCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAGgtgagaacaa ... gcttaagcagGTAGAAGAATACAGCCTTAGGACCCATCTCACTCAATTGAAACAAACCTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATGAACTGTCTGGTTTCTGAACTTGCTGATGTAGCAGCACAGGAGAGAGCAAAACTTGATGAGTGTGAAGCTCTATTGGCTTCAACAGCAGCTATGCAGgtgagaacaacaataaatagttgtaaacttttatgcataaagaggtaaaaataaaaatttaaaaaaattaaaaaaaaaaaaaaaagaaaagagaaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaagaa