Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAATCTCTTCGTTCTATCAAAGCAAGACGCAATTCCATCATAGTTCCCATAGGGACTTTGCAGTTTGGTGTATGTAGACATCGTGCAGTGCTCATGAAGgtgattctactactggatttatttttctttttctggctgggttgatttgcttgctatctgcttctaatttttagcaattatgagctgacaaaattttcaattgttctag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g04180.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110690328|gb|EE067329.1|EE067329
EST:     TAGGGACTTTGCAGTTTGGTGTATGTAGACATCGTGCAGTGCTCATGAAG                         TATCTATGTGATCGAATGGAGCCTCCAGTTCCTTGTGAGCTTGTTAGGGGC
genomic: TAGGGACTTTGCAGTTTGGTGTATGTAGACATCGTGCAGTGCTCATGAAGgtgattctac ... attgttctagTATCTATGTGATCGAATGGAGCCTCCAGTTCCTTGTGAGCTTGTTAGGGGC
EST: gi|27583915|gb|CB006610.1|CB006610
EST:     TAGGGACTTTGCAGTTTGGTGTATGTAGACATCGTGCAGTGCTCATGAAG                         TATCTATGTGATCGAATGGAGCCTCCAGTTCCTTGTGAGCTTGTTAGGGGC
genomic: TAGGGACTTTGCAGTTTGGTGTATGTAGACATCGTGCAGTGCTCATGAAGgtgattctac ... attgttctagTATCTATGTGATCGAATGGAGCCTCCAGTTCCTTGTGAGCTTGTTAGGGGC