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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaatttctttctctgtctaactttttattcttgacatccagaatcttcttttgagtaaacactattacccaatcaaagggttgtttaggaaaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g02050.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g02050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA01G37790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaatttctttctctgtctaactttttattcttgacatccagaatcttcttttgagtaaacactattacccaatcaaagggttgtttaggaaaa
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GAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttgcctcctccttgctttctgtttttcatttgcattggaacaatgaagaagtgaggatcttttctgaaaaaacataaaaggcattaagcattt

upper sequence: Vv04s0023g02050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G07530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaatttctttctctgtctaactttttattcttgacatccagaatcttcttttgagtaaacactattacccaatc-aaagggttgtttaggaaaa
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GAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttccctcctccttgctttctgtttttcatttgcattgggacaatgaagaagtgagggtctattctgaaaaaatttaaaaggctacccattaaa-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110408581|gb|EC974217.1|EC974217
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|27584281|gb|CB006976.1|CB006976
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|30137621|gb|CB922959.1|CB922959
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110725005|gb|EE101327.1|EE101327
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110714201|gb|EE090834.1|EE090834
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110411150|gb|EC976854.1|EC976854
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110395524|gb|EC961190.1|EC961190
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110383428|gb|EC947801.1|EC947801
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110421372|gb|EC987668.1|EC987668
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|71883819|gb|DT032874.1|DT032874
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|32460779|gb|CD801953.1|CD801953
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|30130758|gb|CB916097.1|CB916097
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110392954|gb|EC957638.1|EC957638
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|30126419|gb|CB911758.1|CB911758
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|27582989|gb|CB005684.1|CB005684
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110716413|gb|EE091375.1|EE091375
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|30130907|gb|CB916246.1|CB916246
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|30130760|gb|CB916099.1|CB916099
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110396411|gb|EC962096.1|EC962096
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|71889039|gb|DT038094.1|DT038094
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110729884|gb|EE106328.1|EE106328
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|30137252|gb|CB922590.1|CB922590
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110377712|gb|EC942793.1|EC942793
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110395846|gb|EC961519.1|EC961519
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|27586186|gb|CB008881.1|CB008881
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110687657|gb|EE065313.1|EE065313
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110686674|gb|EE064578.1|EE064578
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|351029910|gb|FQ427750.1|FQ427750
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110421893|gb|EC988197.1|EC988197
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|27584608|gb|CB007303.1|CB007303
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|18458436|gb|BM436714.1|BM436714
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|349829323|gb|FQ419855.1|FQ419855
EST:     GTTCTTTTCCTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110370067|gb|EC934244.1|EC934244
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110401433|gb|EC968043.1|EC968043
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|110716422|gb|EE091391.1|EE091391
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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EST: gi|22012437|gb|BQ797471.1|BQ797471
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|27584381|gb|CB007076.1|CB007076
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|349830764|gb|FQ417062.1|FQ417062
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|110393667|gb|EC959071.1|EC959071
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|71887667|gb|DT036722.1|DT036722
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|27582969|gb|CB005664.1|CB005664
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|27582243|gb|CB004938.1|CB004938
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|27586396|gb|CB009091.1|CB009091
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaa ... ccttttgcagGGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|18458205|gb|BM436483.1|BM436483
EST:     GTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCAATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAG                         GGTGAAAAGGATGACAAAATAATAGCAGTGTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaatttctttctctgtctaactttttattcttgacatccagaatcttcttttgagtaaacactattacccaatcaaagggttgtttaggaaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagtaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taggaaa