1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GCATGTTATCTGGGTGAAGAATGGAAATACTGGCTATGATGAGATTCGTGCTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaatttttacatacgcgtaacattacgtttctggaaagcaacattaaggagggttaacttttaaagtaaagacttggaacaatatagtctcttt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0048g00370.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAG GTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGTEST: gi|110730448|gb|EE107540.1|EE107540
genomic: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaat ... cctttaacagGTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGT
EST: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAG GTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGTEST: gi|37187325|gb|CF606678.1|CF606678
genomic: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaat ... cctttaacagGTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGT
EST: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAG GTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGTEST: gi|110699413|gb|EE076391.1|EE076391
genomic: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaat ... cctttaacagGTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGT
EST: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAG GTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGTEST: gi|161718402|gb|FC065025.1|FC065025
genomic: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaat ... cctttaacagGTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGT
EST: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATAAAG GTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGTEST: gi|110689357|gb|EE065511.1|EE065511
genomic: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaat ... cctttaacagGTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGT
EST: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAG GTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGT
genomic: CTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaat ... cctttaacagGTGACTACAACCATTGGTTATGGATCCCCAAACAAGTCAAACTCATACAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCATGTTATCTGGGTGAAGAATGGAAATACTGGCTATGATGAGATTCGTGCTGCCATCAAGGAAGCAAAGACTGTCAAAGACAAACCCACTTTAATCAAGgtctaacaatttttacatacgcgtaacattacgtttctggaaagcaacattaaggagggttaacttttaaagtaaagacttggaacaatatagtctcttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagtaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaacaa