Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttctatgttctggtttggcttcttatggagattatgtctatgttatccaagtgatatcttgcttttgttcttttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0171g00330.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G032367_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttctatgttctggtttggcttcttatggagattatgtctatgttatc-caagtgatatcttgcttttgttcttttcag
||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || || || || || || || || |||||||| || |||||| |  | |  |||| | || |    | ||  |    | |   | ||      | |    |||| ||   |   | |||
TAAACTCAGCGATCGCTTTCCACAGCCTTATGCAAATGAGCAAGCAGCCCGATTTGCTAATGGTGGCGCCTACCCGCCGGACCTTAGTCTTATCACAAAGgtaattgcagt-taatggtgttgcattgctttgatgtggcctttcactgattatggcttactgtttgcattgcattcatccag

upper sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G06700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttctatgttctggtttggcttcttatggagattat--gtctatgt-tatccaagtgatatcttgcttttgttcttttcag
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    ||  | || |     |   | ||||  ||     | ||||| || |  |   |||| |  ||| || | |||||||
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAAGCAGCTGCTAGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaattatttgatagtaatgtctttggaattttctaatgtatgtctacctgaaatatatatc-cttgtgat-ttttcag

upper sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttctatgttctggtttggcttcttatggagattat--gtctatgttatccaagtgatatcttgcttttgttcttttcag
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    ||  | || |     |   | || |  ||     | |||||   ||     |||| |  | |||    |||||||
TAAACTCAGCGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAAGCAGCTGCTAGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTATTACCAAAgtaatgctaattatttgatagtaatatctttgaaattttctaatgtatgtctacctgaaaatatatatccttttgatttttcag

upper sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G07020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttctatgttctggtt-tggcttcttatggagattatgtctatgttatccaagtgata-tcttgcttttgttcttttcag
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||   | |  |||| |  |  | |||| | ||  || | |   | ||||   |   ||| | || |  ||  | ||| |||
TAAACTCAGTGATCGCTTTCCCCAGCCATATGCAAATGAAGCAGCAGCTAGGTTTGCTAATGGAGGAGCCTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgagtgtagtctgctagtaacgtctt-tagattttcttttgcttttatatcataaataattttacccttaatgttt-cag

upper sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G22530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttctatgttctggtttggcttcttatggagattatgtctatgttatccaagtgata-tcttgcttttgttcttttcag
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  || |  |||| |     |  || | ||  || | |   | ||||    |  ||| | || |  ||  | ||| |||
TAAACTCAGTGATCGCTTTCCCCAGCCATATGCAAATGAAGCAGCAGCTAGGTTTGCTAATGGAGGAGCCTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgactgtagtctgctagtaatgtttttagattttctattgcttttatatcggaaataattttacccttaatattt-cag

upper sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT3G27240.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgta-atttcta-tgttctggtttggcttcttatggagattatgtctatgttatccaagtgata---tcttgcttttgttcttttcag
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||    | ||  |  | |  |||  ||    ||    |  |    | |||| |     | | |   | ||  | || | | || |||
TAAACTCAGTGACCGGTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAATCAGCTGCAAGGTTTGCTAATGGTGGAGCGTATCCTCCTGATCTAAGTCTTATAACTAAGgtctgctgctgctactttactttaactgaacatctgtagcaaacttgtgttttgtgttttaaatagttttaatgttctgccttccag

upper sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G40810.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgt---aatttctatgttctggtttggcttcttatggagattatgtcta-tgttatccaagtgatatcttgcttttgttcttttcag
|||||||||||||||  ||||| | |||||  ||||||||   |||||| |||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||| | || || ||       ||| | |     ||||  | |   | || | |   |||| | | ||| |||  ||   | ||| ||  |  || |||
TAAACTCAGTGATCGGCTTCCTGAACCATACTCAAATGAATCGGCTGCTAGGTTCGCCAATGGAGGAGCGTATCCACCGGATCTAAGTCTTGTAACTAAGgtttggtgctctttctctccatttgtatacaattagaaaattcatctactatgatctaagcaat--ttggctatt--ttcttccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110360731|gb|EC924064.1|EC924064
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|77587867|gb|DV223133.1|DV223133
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110696692|gb|EE073029.1|EE073029
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|34319021|gb|CF371775.1|CF371775
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTT
EST: gi|161720747|gb|FC069966.1|FC069966
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTCTCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|349823939|gb|FQ417326.1|FQ417326
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110381663|gb|EC935060.1|EC935060
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110379810|gb|EC945030.1|EC945030
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|349807741|gb|FQ402132.1|FQ402132
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110426281|gb|EC992684.1|EC992684
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|33405585|gb|CF211212.1|CF211212
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACGGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|77585756|gb|DV221974.1|DV221974
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|71873090|gb|DT022145.1|DT022145
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110693499|gb|EE069785.1|EE069785
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|349820893|gb|FQ408601.1|FQ408601
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|349807532|gb|FQ401947.1|FQ401947
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110699690|gb|EE076907.1|EE076907
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110374848|gb|EC939786.1|EC939786
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110690901|gb|EE068387.1|EE068387
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|349811881|gb|FQ410678.1|FQ410678
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|161713380|gb|FC062785.1|FC062785
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCCAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|22008847|gb|BQ793881.1|BQ793881
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|349819860|gb|FQ404536.1|FQ404536
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCCCAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|161712482|gb|FC061787.1|FC061787
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGG
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGG
EST: gi|110379451|gb|EC944646.1|EC944646
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
EST: gi|110690784|gb|EE068257.1|EE068257
EST:     GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAA                         GCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttcta ... ttcttttcagGCTCGCCACAATGGTCAAAACTATGTATTTGCACTGCTAACTGGTTACCGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAACAAGCTGCTCGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGCCTTATCACCAAAgtaatttctatgttctggtttggcttcttatggagattatgtctatgttatccaagtgatatcttgcttttgttcttttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT