1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GCAAAGTTGAAAAAGGGAGTTCTAATTGTTAACAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttcagcacttttgagtttcttggatttgagtatgttgttcaatgtttctttttatgcagttttgaaagccaatgacttcattttaattttctgattttcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0066g01320.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAGEST: gi|33409026|gb|CF214653.1|CF214653
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACGCAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCEST: gi|161715982|gb|FC065526.1|FC065526
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCC
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|30130146|gb|CB915485.1|CB915485
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|28961860|gb|CB340934.1|CB340934
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGTAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|22012396|gb|BQ797430.1|BQ797430
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|22009020|gb|BQ794054.1|BQ794054
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110708144|gb|EE085353.1|EE085353
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGAGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAEST: gi|352789699|gb|FQ476297.1|FQ476297
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGG-GGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCA
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|352764468|gb|FQ472825.1|FQ472825
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|34320409|gb|CF373163.1|CF373163
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110381028|gb|EC946337.1|EC946337
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|28963772|gb|CB342805.1|CB342805
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|352794929|gb|FQ477039.1|FQ477039
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|22013923|gb|BQ798957.1|BQ798957
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|352763854|gb|FQ465304.1|FQ465304
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: GGGCATATTGCAG GCTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGGCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110724839|gb|EE101020.1|EE101020
genomic: GGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: TGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|46918254|gb|CN547583.1|CN547583
genomic: TGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|22012397|gb|BQ797431.1|BQ797431
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110412411|gb|EC978159.1|EC978159
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110406155|gb|EC971718.1|EC971718
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110407190|gb|EC972787.1|EC972787
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|352764651|gb|FQ469726.1|FQ469726
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGTCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110716652|gb|EE091831.1|EE091831
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110715960|gb|EE090523.1|EE090523
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|352777462|gb|FQ474096.1|FQ474096
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: GCCGATGCAGGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAGEST: gi|34361893|gb|CF403478.1|CF403478
genomic: GCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110728292|gb|EE103735.1|EE103735
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: TGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|352782551|gb|FQ476631.1|FQ476631
genomic: TGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CAGGGATACATAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|33409105|gb|CF214732.1|CF214732
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACGCAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAGEST: gi|45771134|gb|CN006986.1|CN006986
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|34543645|gb|CF511877.1|CF511877
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110732811|gb|EE108422.1|EE108422
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATTCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAA GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGGACCATCCAEST: gi|352782128|gb|FQ470030.1|FQ470030
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGG-ACCATCCA
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|22009993|gb|BQ795027.1|BQ795027
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110685824|gb|EE062884.1|EE062884
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|32246066|gb|CD711885.1|CD711885
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCATEST: gi|110381266|gb|EC946589.1|EC946589
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
EST: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAG GTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
genomic: CATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttc ... tgattttcagGTTACAGTGGGGATGTTTGGTATCCACAGCCAGCCCCCAAGGACCATCCAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAAAGTTGAAAAAGGGAGTTCTAATTGTTAACAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttcagcacttttgagtttcttggatttgagtatgttgttcaatgtttctttttatgcagttttgaaagccaatgacttcattttaattttctgattttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT