Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTCGATGAATCGGACAGTGCTCTCTTATGTGCTGCTGTCAACCAACCTATTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtcttactgctaatttatcatttacatttacgaatccgaatacgaaaatgtaaacgatggtaatttgaatttgttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0003g01360.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110723202|gb|EE100248.1|EE100248
EST:     TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCT                         GGGATATATGCTGGGGATTGCTNCG-ATGATCCAGATGACATTGACCA
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGGATTGCT-CGGATGATCCAGATGACATTGACCA
EST: gi|110689532|gb|EE065840.1|EE065840
EST:     TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCT                         GGAATATATGCTGGGG
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGG
EST: gi|71884446|gb|DT033501.1|DT033501
EST:     TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTTCAGCTCTACACATCT                         GGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
EST: gi|161706574|gb|FC057192.1|FC057192
EST:     TTAGCGTGGGCATAGATGGCTCTGCTCTTGACTTTCAGCTCTACACATCT                         GGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
EST: gi|110709357|gb|EE084747.1|EE084747
EST:     TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCT                         GGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
EST: gi|110726274|gb|EE101910.1|EE101910
EST:     TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCT                         GGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAAATGACATTGACCATGCA
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
EST: gi|110373052|gb|EC937259.1|EC937259
EST:     TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTTCAGCTCTACACATCT                         GGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
EST: gi|110687163|gb|EE064331.1|EE064331
EST:     TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCT                         GGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA
genomic: TTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtctta ... atttgttcagGGAATATATGCTGGGGATTGCTCGGATGATCCAGATGACATTGACCATGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTCGATGAATCGGACAGTGCTCTCTTATGTGCTGCTGTCAACCAACCTATTAGCGTGGGCATGGATGGCTCTGCTCTTGACTTCCAGCTCTACACATCTgtaggtcttactgctaatttatcatttacatttacgaatccgaatacgaaaatgtaaacgatggtaatttgaatttgttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC