1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
ATTTTATAAGGAAGAGGATTTTGTTACCCGGGTCAATGAGATTACTTCTGGCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgaccattctatcatcatgatcaaaagaaactacaaatctttcagttactacagtttgtcacaaggttaactctattctcatgaaagctagctcta...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g08480.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGEST: gi|351053731|gb|FQ441497.1|FQ441497
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: GCA-TGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCEST: gi|110428451|gb|EC994925.1|EC994925
genomic: -CAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGC
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGEST: gi|351042210|gb|FQ442677.1|FQ442677
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: CAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAAGAAAAGACACCTTTTAAG GGATCATTGGCATGCTTAAAGGCTEST: gi|71888775|gb|DT037830.1|DT037830
genomic: CAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGA-Ggtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCT
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGEST: gi|351035096|gb|FQ458453.1|FQ458453
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGGTCATGGTGAATTTTGGACAGEST: gi|33403875|gb|CF209502.1|CF209502
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGEST: gi|110699271|gb|EE076123.1|EE076123
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: GCA-TGGGGNTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAA-GACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTG-ACAGEST: gi|352789828|gb|FQ478643.1|FQ478643
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAAGGCTCGTGGEST: gi|33403792|gb|CF209419.1|CF209419
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGG
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGEST: gi|110724513|gb|EE100407.1|EE100407
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTANGAAAAGACAC-TTTGAA GGATCATTGGCATGCTTAAAGGCTCGTGGGTTEST: gi|110429362|gb|EC995853.1|EC995853
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTT
EST: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTTTATAAGGAAGAGGATTTTGTTACCCGGGTCAATGAGATTACTTCTGGCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgaccattctatcatcatgatcaaaagaaactacaaatctttcagttactacagtttgtcacaaggttaactctattctcatgaaagctagctcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgaaa