Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGACAGTGAGGGATGCTCTAAACTCTGCACTTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaagtggataggaatgcctcccttggctttgttctcacttgtttctcctttttcatttgtccttgttcttatgttctgatttttgtttacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0146g00310.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
ATGACAGTGAGGGATGCTCTAAACTCTGCACTTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaagtggataggaatgcctcccttggctttgttctcacttgtttctcctttttcatttgtccttgttcttatgttctgatttttgtttacag
||||| ||  | || || || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||   || ||| ||||||||||||||||                               ||| |  ||||||   ||   ||   | ||||||   | ||  || |  ||  | |||  |  |||
ATGACTGTCCGTGAAGCGCTGAACTCTGCACTCGATGAAGAAATGTCTGCTGATCCTTCTGTTTTTCTGATGGGTGAAGAGgtaca----------------------------cttggaactcactcactttctctccctgatttgtgtgtttttctaaggccttctctttcgtggcag

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G50850.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
ATGACAGTGAGGGATGCTCTAAACTCTGCACTTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaagtggataggaatgcctcccttggctttgttctcacttgtttctcctttttcatttgtccttgttcttatgttctgatttttgtttacag
|||||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||    ||   | | |  ||      |   |||      || ||  |  ||   | ||| |  ||     | |||| || | ||| | |       
ATGACAGTCAGAGATGCTCTAAATTCTGCAATTGATGAGGAAATGTCTGCTGATCCTAAAGTATTTGTCATGGGTGAAGAGgttagttgcagctaacatgtttgataaattcatcttg-----caatttctaatcagatatcaat-atctcatcttttatcttgttattgtag-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351043256|gb|FQ443977.1|FQ443977
EST:     TTGATAAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351034494|gb|FQ448170.1|FQ448170
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351023552|gb|FQ432935.1|FQ432935
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349817767|gb|FQ407756.1|FQ407756
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGGAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351030938|gb|FQ438974.1|FQ438974
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|161721102|gb|FC070019.1|FC070019
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349814730|gb|FQ409953.1|FQ409953
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGGAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351029889|gb|FQ427729.1|FQ427729
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351027179|gb|FQ440047.1|FQ440047
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349817147|gb|FQ405152.1|FQ405152
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGGAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110365214|gb|EC927841.1|EC927841
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349828778|gb|FQ418513.1|FQ418513
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351017574|gb|FQ435927.1|FQ435927
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110685369|gb|EE062030.1|EE062030
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|71863160|gb|DT012215.1|DT012215
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110365136|gb|EC928913.1|EC928913
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|71863702|gb|DT012757.1|DT012757
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110711640|gb|EE088353.1|EE088353
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349832945|gb|FQ423067.1|FQ423067
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349818046|gb|FQ408821.1|FQ408821
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGGAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349830010|gb|FQ420270.1|FQ420270
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349830031|gb|FQ420291.1|FQ420291
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351015619|gb|FQ427104.1|FQ427104
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351028389|gb|FQ427285.1|FQ427285
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110719438|gb|EE094576.1|EE094576
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349826357|gb|FQ417854.1|FQ417854
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349815315|gb|FQ400470.1|FQ400470
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGGAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110711678|gb|EE088431.1|EE088431
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|161715045|gb|FC064252.1|FC064252
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351014795|gb|FQ437995.1|FQ437995
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|294966748|gb|GW837767.1|GW837767
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|71861175|gb|DT010230.1|DT010230
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351027102|gb|FQ439963.1|FQ439963
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|351029935|gb|FQ427775.1|FQ427775
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|349812258|gb|FQ411853.1|FQ411853
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTTGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110398758|gb|EC965232.1|EC965232
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110718337|gb|EE095058.1|EE095058
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|161716774|gb|FC067499.1|FC067499
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|110702444|gb|EE081168.1|EE081168
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
EST: gi|161710596|gb|FC058147.1|FC058147
EST:     TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAG                         GTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG
genomic: TTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaa ... ttgtttacagGTCGGGGAATACCAAGGTGCATACAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGACAGTGAGGGATGCTCTAAACTCTGCACTTGATGAGGAAATGTCCGCAGATCCTAAAGTCTTTTTGATGGGTGAAGAGgtgaggaaaagtggataggaatgcctcccttggctttgttctcacttgtttctcctttttcatttgtccttgttcttatgttctgatttttgtttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA