Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatgttattttagcttgtgatcatttgttcaatttcttctcttgatgattgtaacctctgatgggcactccttttgtttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0566g00010.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110391556|gb|EC956538.1|EC956538
EST:     TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAG                         GCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
genomic: TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatg ... tttgtttcagGCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
EST: gi|110425102|gb|EC991479.1|EC991479
EST:     TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAG                         GCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
genomic: TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatg ... tttgtttcagGCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
EST: gi|28966816|gb|CB345849.1|CB345849
EST:     TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGCCCGCAAG                         GCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
genomic: TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatg ... tttgtttcagGCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
EST: gi|110718544|gb|EE095497.1|EE095497
EST:     TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAG                         GCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
genomic: TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatg ... tttgtttcagGCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
EST: gi|29784715|gb|CB345795.2|CB345795
EST:     TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAG                         GCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
genomic: TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatg ... tttgtttcagGCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
EST: gi|110377599|gb|EC942676.1|EC942676
EST:     TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAG                         GCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
genomic: TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatg ... tttgtttcagGCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
EST: gi|110417869|gb|EC983965.1|EC983965
EST:     TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAG                         GCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC
genomic: TTACCATTTCCAATGGACTGCCTTTATGCGGATCCTGACCGCAAGgtattatatg ... tttgtttcagGCCTATGATGTCTTGGGCTTATACTATGGTCTTTCCCGTACACTATTCAGC