Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTATGGAAAATGTCCAATTACAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAGgtatgctttatattgatgttttttttctgttgtttctttggttatgcttttatattgtttcagattttatcattgaattttctggttttattattgttaatgctaaaactatgttgatgtttactctcattggcttgtaatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0049g01840.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0049g01840.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G21330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GATTATGGAAAATGTCCAATTACAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAGgtatgctttatattgatgttttttttctgttgtttctttggttatgct-tttatatt--gtttcagattttatcattgaattttctggttttattattgttaatgctaaaactatgttgatgtttactctcattggcttgtaatgcag
|||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||  | ||||| |||||||| |    ||  |  |  || |  |||| |    |||  |  |   |||||||   |  | ||         ||  || || |  |||  || |    | | |     | ||||     || | ||    |   ||    |||||
GATTATGGGAAGTGTCCAATTACTGGAGAACCACTTACTATGGACGACATTGTACCAATCAAGACAGGCAAGgtatggtggtaatgaaattagttgtattgttttaatattgagtgcggagtttatatcaagactaagcgccccgtgtttgatgttgttctttgcttttcaagatttcagttgcaatgtactgattaaatcaggatcatttaccgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110729437|gb|EE105388.1|EE105388
EST:     CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAG                         ATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA
genomic: CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAGgtatgcttta ... tgtaatgcagATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA
EST: gi|71858292|gb|DT007347.1|DT007347
EST:     CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAG                         ATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA
genomic: CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAGgtatgcttta ... tgtaatgcagATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA
EST: gi|161710544|gb|FC058133.1|FC058133
EST:     CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAG                         ATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA
genomic: CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAGgtatgcttta ... tgtaatgcagATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA
EST: gi|110687481|gb|EE064937.1|EE064937
EST:     CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAG                         ATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA
genomic: CAGGGGAGCCACTAACTATGGACGATATTGTTCCAATACAAACAGGAAAGgtatgcttta ... tgtaatgcagATAGTGAAGCCCAGACCTGTACAGGCTGCTAGCATACCTGGGATGCTTGGA