Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTTACTACTGGTTATTACATGTGTTGGGTCTTTACCATCCCTATGTGTGGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgatgcattgaacatctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacatattgactctaatgtgctgttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g01230.t01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA20G25120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
TTCTTACTACTGGTTATTACATGTGTTGGGTCTTTACCATCCCTATGTGTGGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgatg-cattgaaca-tctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacatattgactctaatgtgctgttgcag
 || ||||| ||||| || |||| ||| ||  ||||||| || |||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    |     ||| ||| | ||   ||     |  |   | ||   |  || || ||     ||| |  | |   | | ||    ||||  ||
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAGGCATTTACCAACCTTATGTGTGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaacaattttgcacaatgtaataatttgttgagttctattattatgcttatgatttgccattccctaactacatattattctttgttaaag

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA10G41920.2 (Glycine max), 5'ss of exon 15
TTCTTACTACTGGTTATTACATGTGTTGGGTCTTTACCATCCCTATGTGTGGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgatgcattgaacatctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacat------attgactctaatgtgctgttgcag
 || ||||| ||||| || |||| |||  |  ||||||| || ||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    |   |||   || | || ||   |    ||||     |  || || || ||| | |||  |||      | |   | | ||    ||||  ||
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAAGCATTTACCAACCTTATGTATGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaaca-attttgca-caatgtaataatttgttgagttcta--ttattatgcttacaatttgccattccctaactacatattattctttgttaaag

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
TTCTTACTACTGGTTATTACATGTGTTGGGTCTTTACCATCCCTATGTGTGGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgatgcattgaacatctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacatattgactctaatgtgctgttgcag
||| ||||| ||| | ||||||    || |||| |||   || ||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||| | | |   | | ||| |   | |   ||| |  |   | |         |  |     |  |   |   ||  |||  | |  || | |||
TTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGgtgggttaa-atactcaacttgcctgtgaacaatgtgttgtattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33404073|gb|CF209700.1|CF209700
EST:     GGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAG                         TTGAACCGCCTGGTGACAGAAAAGTGGGTTGATGGTTGGGATGATCCTCGT
genomic: GGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgat ... gctgttgcagTTGAACCGCCTGGTGACAGAAAAGTGGGTTGATGGTTGGGATGATCCTCGT