Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCACGGTCAATGAGAACTCTGGGAGGGCTCTCTTCTACTGGTTCATTGAGGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttttgcccccacccttttcaatcattttgtctgagtttgtgttgacttctagtaattggattgttgtacggatggatttcgattgttctttgc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0037g00740.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351031227|gb|FQ445252.1|FQ445252
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351014120|gb|FQ434709.1|FQ434709
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|37187292|gb|CF606645.1|CF606645
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351012141|gb|FQ426863.1|FQ426863
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351030034|gb|FQ430776.1|FQ430776
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|349826488|gb|FQ418579.1|FQ418579
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|161721345|gb|FC070066.1|FC070066
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|349823897|gb|FQ415308.1|FQ415308
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|349826481|gb|FQ418572.1|FQ418572
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|29785430|gb|CB342413.2|CB342413
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351013201|gb|FQ424906.1|FQ424906
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|110687957|gb|EE065957.1|EE065957
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351022559|gb|FQ447081.1|FQ447081
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|161715943|gb|FC068750.1|FC068750
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351013501|gb|FQ425532.1|FQ425532
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|110685326|gb|EE063617.1|EE063617
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|161709528|gb|FC061377.1|FC061377
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|349826544|gb|FQ418635.1|FQ418635
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|18459529|gb|BM437807.1|BM437807
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351013562|gb|FQ425593.1|FQ425593
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351025963|gb|FQ427975.1|FQ427975
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|161719973|gb|FC068303.1|FC068303
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCCT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCC-T
EST: gi|351016943|gb|FQ424370.1|FQ424370
EST:     AGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351014108|gb|FQ434697.1|FQ434697
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|294965038|gb|GW838841.1|GW838841
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGAATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCT
EST: gi|351038161|gb|FQ460853.1|FQ460853
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351042964|gb|FQ434405.1|FQ434405
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|110358895|gb|EC919479.1|EC919479
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351040083|gb|FQ425169.1|FQ425169
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|110697944|gb|EE075394.1|EE075394
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCTTCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|349823430|gb|FQ423241.1|FQ423241
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|77581072|gb|DV219461.1|DV219461
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|351019440|gb|FQ429575.1|FQ429575
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT
EST: gi|161708776|gb|FC060068.1|FC060068
EST:     GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAG                         GGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGACGAAATAGGCCCTT
genomic: GGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttt ... ttttctatagGGCCTGGATGTTCATCCATTGCTTATGGGCAGTCAGAGGAAATAGGCCCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCACGGTCAATGAGAACTCTGGGAGGGCTCTCTTCTACTGGTTCATTGAGGCTGCTGAAGACCCTTCTTCTAAGCCTCTGGTTCTTTGGCTTAATGGAGgtcaatcttttgcccccacccttttcaatcattttgtctgagtttgtgttgacttctagtaattggattgttgtacggatggatttcgattgttctttgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccaccc