Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTTGTTCATGAGAACAGGAATGGCACCTACCAATGGGTTGTCAAGCCCAAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatcttaacaactgtgtttctttccaattttcctttttgattttccatgtttccgaattgatttctgtttttgactag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g00920.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA05G31450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AGCTTGTTCATGAGAACAGGAATGGCACCTACCAATGGGTTGTCAAGCCCAAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatcttaacaactgtgtttctttccaattttcctt-----tttga--ttttccatgtttccgaattgatt--tctgtttttgactag---------------------
| |||||||| ||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |  ||| |  |||||||||| || |||||||| | |  ||  ||  |     ||     ||||  ||||     |||||  ||||     | |   |||| |||  | ||||  |||   |                     
AACTTGTTCACGAGAACAAGAATGGCACTTATCAGTGGGTTGTCAAGCCCAAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctag

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA08G14670.3 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AGCTTGTTCATGAGAACAGGAATGGCACCTACCAATGGGTTGTCAAGCCCAAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatcttaacaactgtgtttctttccaattttcctt-----tttgattttccatgtttccgaattg-atttctgtttttgactag----------------------------------------------
| |||||||| |||||||  |||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |  ||| |  |||||||||| || |||||||| | |  ||  ||  |     ||     | ||  ||||     ||||| | |  ||  ||  |||||  |||| | |||||  |                                                 
AACTTGTTCACGAGAACAATAATGGCACTTATCAGTGGGTTGTCAAGCCCAAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgttctcatgtcctcctccccttagttacccttaatagtttgaatgtatattcttttgaattttatttttattttttccatcttttattttattgctttgttgatatggtttctttgttgtctgctag

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA18G02210.4 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AGCTTGTTCATGAGAACAGGAATGGCACCTACCAATGGGTTGTCAAGCCCAAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct-taacaactgtgtttctttcca-attttcctttttgattttcca-----tgtttccgaattgatttctgtttttgactag------------------------
| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||  ||||||| ||  |||| |  ||| |  ||||||| || ||  | ||||| || |    | ||||    ||| |||  | || |   || ||     || |     | |||     || |||| |  |  ||| | |                        
AACTTGTTCACGAGAACAGGAATGGCACCTATCAGTGGATTGTCAAACCCAAATCCGTCAACTACCAATTTAAAACCAACACCCATGTTCCAAAATTGGGgttagccttcacatcaacgtcatttttttatatatatatattattcgaaatcaagacgctttttttattttaattttttatcctgatttgtttaattggttgattaattatcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30298421|gb|CB975215.1|CB975215
EST:     AAGACTGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCATGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110718211|gb|EE094788.1|EE094788
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|352786493|gb|FQ479102.1|FQ479102
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110729420|gb|EE105357.1|EE105357
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|18458339|gb|BM436617.1|BM436617
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110370782|gb|EC932929.1|EC932929
EST:     AAGACTGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCATGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|351028589|gb|FQ446262.1|FQ446262
EST:     AAGACCGTCAAATATGGATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110699399|gb|EE076363.1|EE076363
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|352781953|gb|FQ469251.1|FQ469251
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|349823419|gb|FQ423230.1|FQ423230
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110711003|gb|EE087708.1|EE087708
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|351029253|gb|FQ435453.1|FQ435453
EST:     CAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCATGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: CAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110729394|gb|EE105310.1|EE105310
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|294966781|gb|GW837800.1|GW837800
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110710113|gb|EE086162.1|EE086162
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|349826736|gb|FQ418827.1|FQ418827
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|349830747|gb|FQ417045.1|FQ417045
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|351025075|gb|FQ433492.1|FQ433492
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|29786214|gb|CB343821.2|CB343821
EST:     GTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCATGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: GTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110728696|gb|EE104489.1|EE104489
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110686985|gb|EE063998.1|EE063998
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110698948|gb|EE077030.1|EE077030
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110699779|gb|EE077086.1|EE077086
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|38516563|gb|CF983738.1|CF983738
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110707916|gb|EE084861.1|EE084861
EST:     ACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: ACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|30296613|gb|CB973407.1|CB973407
EST:     AAGACTGTCAAATATGAATTCAGGACTGATGCCCATGTCCCCATGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|110698025|gb|EE075563.1|EE075563
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
EST: gi|18459348|gb|BM437626.1|BM437626
EST:     AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGG                         GGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG
genomic: AAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatct ... ttttgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCTTGTTCATGAGAACAGGAATGGCACCTACCAATGGGTTGTCAAGCCCAAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatcttaacaactgtgtttctttccaattttcctttttgattttccatgtttccgaattgatttctgtttttgactag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT