1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AACGATGGACCAGTGAAGATTGTTGTATCTTCAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagcttagcatgaagcgattatcttttcattttgtgatttacttgtcggatgtctacagttcattgtgatattttttaatgaatgtgttttgtatt...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S422_7V6.2 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|208378241|gb|DC918862.1|DC918862
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: GATGTCGNTNTTGAG GTCTATGCCCCTT-GTGT-GTCACTGCCAAGC-TTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|15261762|gb|BI437072.1|BI437072
genomic: GATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|18340941|gb|BJ172972.1|BJ172972
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|100413810|gb|BY974995.1|BY974995
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: AACCTTCGACGACGAT-GTCTTGCATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCACCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTEST: gi|162254392|gb|FC430527.1|FC430527
genomic: AACCTTCGACGA-GATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCT
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162230556|gb|FC407146.1|FC407146
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162263114|gb|FC439780.1|FC439780
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162254391|gb|FC430526.1|FC430526
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|18335567|gb|BJ167587.1|BJ167587
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162256673|gb|FC433191.1|FC433191
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162249688|gb|FC426516.1|FC426516
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|208377612|gb|DC926894.1|DC926894
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: TCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|37853537|gb|BJ611545.1|BJ611545
genomic: TCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: GACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162273996|gb|FC450343.1|FC450343
genomic: GACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162166449|gb|FC342431.1|FC342431
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: AGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162181355|gb|FC357085.1|FC357085
genomic: AGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: GTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|67720293|gb|BJ970552.1|BJ970552
genomic: GTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|208398676|gb|DC916199.1|DC916199
genomic: CGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|100431989|gb|BY978609.1|BY978609
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTACCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|7047275|gb|AW477169.1|AW477169
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162248897|gb|FC422891.1|FC422891
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162270571|gb|FC446496.1|FC446496
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162262523|gb|FC439735.1|FC439735
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162185364|gb|FC360938.1|FC360938
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|37828074|gb|BJ586086.1|BJ586086
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|15262155|gb|BI437465.1|BI437465
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|100413123|gb|BY992598.1|BY992598
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|208350976|gb|DC925981.1|DC925981
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACNTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTNTATGCCCNTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162273997|gb|FC450344.1|FC450344
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|18363630|gb|BJ195702.1|BJ195702
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACEST: gi|162257577|gb|FC433711.1|FC433711
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AACGATGGACCAGTGAAGATTGTTGTATCTTCAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagcttagcatgaagcgattatcttttcattttgtgatttacttgtcggatgtctacagttcattgtgatattttttaatgaatgtgttttgtatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG