Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGATGAATCTCATCGGAGATGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttctcgctgttggcccacgcatctgtgccctatataagagacgaactctggaaacagtgtcaattatcttgcgtctattaattattatgtgga...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S42_193V6.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162252374|gb|FC427287.1|FC427287
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|162173033|gb|FC349165.1|FC349165
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|67693971|gb|BJ954204.1|BJ954204
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|162176833|gb|FC353341.1|FC353341
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|208350468|gb|DC926201.1|DC926201
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|67693854|gb|BJ954087.1|BJ954087
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|162176832|gb|FC353340.1|FC353340
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|208397845|gb|DC916166.1|DC916166
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|208351272|gb|DC921551.1|DC921551
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|162261957|gb|FC436816.1|FC436816
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|162252375|gb|FC427288.1|FC427288
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|18341516|gb|BJ173551.1|BJ173551
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
EST: gi|67694322|gb|BJ954555.1|BJ954555
EST:     TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCG                         GCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG
genomic: TGTCAAGGGAAAGGTGGCAGTAATGCTTGATGATATGATTGACACCGCCGgtgagccttc ... catctttcagGCACAATATTTAATGGTGCAGCTCTTCTTCATGCCGAAGGAGCTCGAGAAG