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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttcaacctgccttgtatttatgtagtacgcaagggtattctgcaagactgaattaaagagtagctcgatattgcagaaggaattaggtccaact...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S245_32V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100385818|gb|BY951012.1|BY951012
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100406597|gb|BY955683.1|BY955683
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100418696|gb|BY975696.1|BY975696
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208387770|gb|DC941339.1|DC941339
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100415871|gb|BY956965.1|BY956965
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|67508675|gb|BJ941536.1|BJ941536
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100448950|gb|CJ973249.1|CJ973249
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208349271|gb|DC906385.1|DC906385
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAN                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208346232|gb|DC905221.1|DC905221
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208352262|gb|DC906337.1|DC906337
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208366055|gb|DC935844.1|DC935844
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208372135|gb|DC940317.1|DC940317
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|18358101|gb|BJ190160.1|BJ190160
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208390049|gb|DC938104.1|DC938104
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100419714|gb|BY957686.1|BY957686
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208358250|gb|DC930691.1|DC930691
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208357678|gb|DC934130.1|DC934130
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100442532|gb|BY963226.1|BY963226
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100366066|gb|BY967268.1|BY967268
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208366022|gb|DC935839.1|DC935839
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|100386786|gb|BY970327.1|BY970327
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208374981|gb|DC956391.1|DC956391
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208356440|gb|DC934430.1|DC934430
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
EST: gi|208386327|gb|DC932823.1|DC932823
EST:     TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAG                         CGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA
genomic: TGGTTATGCCTCCTTCGGCGCTTGATCGCTTAGgtattgttca ... ttctttgcagCGTCTCTGCGCATTGATTACCCAATGTTGTTTGAAGTCCACAACCCTTCAA