1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CTTCATTGATGAGATTGATGCAATTGCGACAGCTCGTTTTGATGCTCAAACCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaatcattccttttggaatttgtaaagtctctggagctcactcttttcgagtgtttggtaaagcacttgtcacataagtcagttcttacgacta...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S79_171V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|162254098|gb|FC429622.1|FC429622
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|208380173|gb|DC927452.1|DC927452
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|208383487|gb|DC923639.1|DC923639
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCCTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|37838326|gb|BJ596334.1|BJ596334
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|208385418|gb|DC953065.1|DC953065
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATANGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGANCCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|18360609|gb|BJ192672.1|BJ192672
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CGGAGCAGATAGGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|37850846|gb|BJ608854.1|BJ608854
genomic: CGGAGCAGATAGGG-AGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|208396378|gb|DC920058.1|DC920058
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|18369533|gb|BJ201620.1|BJ201620
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|67578343|gb|BJ950510.1|BJ950510
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATEST: gi|37828181|gb|BJ586193.1|BJ586193
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
EST: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAG ATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
genomic: CCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaat ... atgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTCATTGATGAGATTGATGCAATTGCGACAGCTCGTTTTGATGCTCAAACCGGAGCAGATAGGGAGGTTCAGCGTATCTTGATGGAGCTCTTGAACCAGgtttgagaatcattccttttggaatttgtaaagtctctggagctcactcttttcgagtgtttggtaaagcacttgtcacataagtcagttcttacgacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT