Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCCACCACGAGCTAGAAACTGCACGTATATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcatgaatctctcatgcttggagtttcgtattccaaagctgttgttattacttgttagtttctgggtttcctcgattcgcaccggagtgtttactaatatcgacacattgttgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S180_53V6.2
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162265051|gb|FC440930.1|FC440930
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|208383274|gb|DC928260.1|DC928260
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGCTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|37850897|gb|BJ608905.1|BJ608905
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|18332905|gb|BJ164918.1|BJ164918
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|162172551|gb|FC348596.1|FC348596
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|208370481|gb|DC952184.1|DC952184
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|37838406|gb|BJ596414.1|BJ596414
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|67570917|gb|BJ943741.1|BJ943741
EST:     TTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGAATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATC
genomic: TTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTG-ATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATC
EST: gi|67694219|gb|BJ954452.1|BJ954452
EST:     GAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: GAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|37839393|gb|BJ597401.1|BJ597401
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|208359219|gb|DC954156.1|DC954156
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
EST: gi|37852526|gb|BJ610534.1|BJ610534
EST:     ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTG                         GATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA
genomic: ATATGGAATGTTGGGTAGTGTTGATGCCAACACAGGCGATGCTCAAACTGgtttgttcat ... tgttgtgcagGATGGGACACTGATCAGTTTCTCACCGATGTCAGTGAGGCAACTCTGATCA