Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGCAGCCCCCTCGCAATGCACTAGCCTTGTGCAAGAAGATCAAACTATGGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATGgtaaaatttctacatccatgtgttgcggcttcaatttttagagaaacaattgtctagcgtgactgtctcaaaatttggtgattaagagtctcatatagaa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S102_176V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162219050|gb|FC394945.1|FC394945
EST:     GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATG                         TTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG
genomic: GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATGgtaaaatttc ... gcgtgtgcagTTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG
EST: gi|37823725|gb|BJ581791.1|BJ581791
EST:     GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATG                         TTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG
genomic: GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATGgtaaaatttc ... gcgtgtgcagTTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG
EST: gi|18344526|gb|BJ176567.1|BJ176567
EST:     GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATG                         TTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG
genomic: GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATGgtaaaatttc ... gcgtgtgcagTTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG
EST: gi|162219051|gb|FC394946.1|FC394946
EST:     GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATG                         TTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG
genomic: GGCTATGCTCAGTCCTCTTGGGTGGCCTTCAAGCATTCACATCGAAAATGgtaaaatttc ... gcgtgtgcagTTATCTGCCCAAGTATTGATGAAGAAGCTAG