1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GCAATGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAAACTTATTCACTTCTCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g42220.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|38481744|gb|CF965819.1|CF965819
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|218499498|gb|FG967620.1|FG967620
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|29657047|gb|CB653322.1|CB653322
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: CGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|38476603|gb|CF960736.1|CF960736
genomic: CGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|218484326|gb|FG955561.1|FG955561
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|29616346|gb|CB621358.1|CB621358
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|58686292|gb|CK074979.1|CK074979
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|86823862|gb|CI258850.1|CI258850
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGCCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|27554034|gb|CA997934.1|CA997934
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGACGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTTCTTGCACGATGCCTTATGEST: gi|58679038|gb|CK067725.1|CK067725
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATG
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTEST: gi|58681953|gb|CK070640.1|CK070640
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGEST: gi|58653416|gb|CK042096.1|CK042096
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACG
EST: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAATGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAAACTTATTCACTTCTCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG