Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGGTTATTGGATGGTTTGGCTGGTTTTCTCACTGAGCATTTTGTCAAGCGTTATCTTGGCAATAATGAGGCACGATATAGGCGTTTCAAGgttggtttgtattttttgctaaagtcagattcttcttgccatcaagtagttagcttaattcatacataaattatgaatgagaatatatactcaattctaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g24440.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g24440.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G343442_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
AGTGGTTATTGGATGGTTTGGCTGGTTTTCTCACTGAGCATTTTGTCAAGCGTTATCTTGGCAATAATGAGGCACGATATAGGCGTTTCAAGgttggtttgt-------attttttgctaaagtcagattcttcttgccatcaagtagttagcttaattcatacataaattatgaatgagaatatatactcaattc-taa-
| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||  | || |||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| || || | |       |   |||| ||   || ||||||| || |||   | |  | |       ||||||  | ||| ||||| || | || ||   |||   | | 
AATGGCTTTTGGATGGTTTGGCTGGTTTTCTAACTGAGT-TATTATCAAGCGTTACCTTGGGAATAACGAGGCGCGTTATAGGCGTTTCAAGattcgtcttttaccaaaaacatttgttat--tctgattcttgttaccactgaatgatcaa------tcatacgaatattttgaat-agcacatctatagaataagtgaa