Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGGAAAGGATGAGCAGATTGATCTGGAGGTGTTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaactccatatttagttttctttagttgaaaagtaatgtatttttctgaccattcctgtaactgttttatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g46610.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G432128_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
AGGGAAAGGATGAGCAGATTGATCTGGAGGTGTTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaact------ccatatttagtttt--ctttagttgaaaa--gtaatgtatttt------tctgaccattcctgtaactgttttatag--------------
||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  |           |||   ||| | |  ||| ||||  ||   |  || || | |      |||||  |||  | | | ||| || |                
AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatgtcaatatgtcattactagctctgtcttcagttacaacttgcgatatactgtctcagttctgagtatttttctgaatgtctttttaatttctatggatag

upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G033515_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
AGGGAAAGGATGAGCAGATTGATCTGGAGGTGTTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgta--aactccatatttagttttctttagttgaaaagtaatgtattt-ttctgaccattcctgtaa----ctgttttatag----------
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |     |   ||  | | | |||||||||  ||  |  |||     || |||  |||  | | |    || ||| || |          
AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTGTTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtactacattgcattgctaactcgatgtctttagttacaatatggtgtcccaattgtgagtatttttctgaacatctttttcattgccatggacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29675350|gb|CB671625.1|CB671625
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58674419|gb|CK063105.1|CK063105
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|572311|gb|D41822.1|D41822
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGNAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTT-CTGAAGCTTCTTTGACAACTGCTTATGAGA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGA
EST: gi|58681851|gb|CK070538.1|CK070538
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58681761|gb|CK070448.1|CK070448
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58685196|gb|CK073883.1|CK073883
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|29643695|gb|CB648702.1|CB648702
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58586908|gb|CF985216.1|CF985216
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58601771|gb|CK012299.1|CK012299
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGGAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|22546869|gb|BU099180.1|BU099180
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58688143|gb|CK076830.1|CK076830
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTA
EST: gi|29681045|gb|CB677320.1|CB677320
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|2310583|gb|C26738.1|C26738
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33796466|gb|CF324100.1|CF324100
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58591977|gb|CF990285.1|CF990285
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58684521|gb|CK073208.1|CK073208
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTAGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAA
EST: gi|163925810|gb|EG714934.1|EG714934
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58668052|gb|CK056738.1|CK056738
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33676653|gb|CF304892.1|CF304892
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33795162|gb|CF323454.1|CF323454
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58678891|gb|CK067578.1|CK067578
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTGGGTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|163918210|gb|EG714014.1|EG714014
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCC-GAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAA
EST: gi|29612963|gb|CB617976.1|CB617976
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58688036|gb|CK076723.1|CK076723
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTT
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTT
EST: gi|33676140|gb|CF304379.1|CF304379
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58600685|gb|CK011213.1|CK011213
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|27576994|gb|CA999688.1|CA999688
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|29612961|gb|CB617974.1|CB617974
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58587829|gb|CF986137.1|CF986137
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58682904|gb|CK071591.1|CK071591
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|109974759|gb|DT807089.1|DT807089
EST:     GTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: GTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|29663182|gb|CB659457.1|CB659457
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33796234|gb|CF323983.1|CF323983
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33795371|gb|CF323556.1|CF323556
EST:     CTTCACTGGTNGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: CTTCACTGGT-GCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|29671744|gb|CB668019.1|CB668019
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58662619|gb|CK051305.1|CK051305
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58601500|gb|CK012028.1|CK012028
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58675276|gb|CK063963.1|CK063963
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33676517|gb|CF304756.1|CF304756
EST:     CTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: CTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33676366|gb|CF304605.1|CF304605
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|58681694|gb|CK070381.1|CK070381
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|11442840|gb|BF430739.1|BF430739
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33676128|gb|CF304367.1|CF304367
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|29674012|gb|CB670287.1|CB670287
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|27577341|gb|CB000036.1|CB000036
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGCCCTACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|2309888|gb|C26043.1|C26043
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|117251413|gb|CT844156.1|CT844156
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|88743066|gb|CI766574.1|CI766574
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33680077|gb|CF308316.1|CF308316
EST:     ACTCCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|33795997|gb|CF323866.1|CF323866
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATG
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATG
EST: gi|58681524|gb|CK070211.1|CK070211
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 69 (downstream exon)
Score: 172

AGGGAAAGGATGAGCAGATTGATCTGGAGGTGTTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaa ... tgttttatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAAGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAATGGCCGCTTTATCTTAGCACCAAAAACACAATCCTGAAGAAATATGATG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGGAAAGGATGAGCAGATTGATCTGGAGGTGTTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaactccatatttagttttctttagttgaaaagtaatgtatttttctgaccattcctgtaactgttttatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG