1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TGGATGAGGAACCTTGAAGTTGGAATCCCTGAACTCCTTGAGAATGACATCAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatcttgctacttccttcatacatccataatatcaatgtttttttgacttgtagtctgcaatatgcaagccttttgtatatgagttgttttcctg...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g29620.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTGEST: gi|86413236|gb|CI067641.1|CI067641
genomic: TTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTCAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTGEST: gi|29639500|gb|CB644509.1|CB644509
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTGEST: gi|29669656|gb|CB665931.1|CB665931
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTGEST: gi|8527275|gb|AU092090.1|AU092090
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGAAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTGEST: gi|29664459|gb|CB660734.1|CB660734
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTTTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTGEST: gi|29667652|gb|CB663927.1|CB663927
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTGEST: gi|29682362|gb|CB678637.1|CB678637
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAG GAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatct ... atttgagcagGAAACTCAAGATGGGTGAATTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAGGCTTTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGATGAGGAACCTTGAAGTTGGAATCCCTGAACTCCTTGAGAATGACATCAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGATCTCATATGCAACTGGTTAGgtgagtatcttgctacttccttcatacatccataatatcaatgtttttttgacttgtagtctgcaatatgcaagccttttgtatatgagttgttttcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA