1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CAAGGAGATCTCCAAGAGCAATGTGGTCGATGACATGGTCTCAAGCAATGCCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatttgtccatggattcttctgcagcagtatgccattaaaaaaaaacttagttttggattaaaacttgtccatgtattcttctgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g09250.2 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|3760166|gb|C97424.1|C97424
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|11443012|gb|BF430899.1|BF430899
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|218494828|gb|FG945589.1|FG945589
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|58685454|gb|CK074141.1|CK074141
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|163929263|gb|EG711024.1|EG711024
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAEST: gi|218504141|gb|FG945017.1|FG945017
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|58657984|gb|CK046664.1|CK046664
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|38479690|gb|CF963779.1|CF963779
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|218485553|gb|FG949786.1|FG949786
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAAGGAGATCTCCAAGAGCAATGTGGTCGATGACATGGTCTCAAGCAATGCCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatttgtccatggattcttctgcagcagtatgccattaaaaaaaaacttagttttggattaaaacttgtccatgtattcttctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT