1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTGgtatgaactacctgtccttttttctctgtgcaatgaaattgtgttgattgatctctgcaatcacttgacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g17990.3 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTG GTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCACAAGGATGCCGEST: gi|88238513|gb|CI238362.1|CI238362
genomic: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTGgtatgaacta ... cacttgacagGTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCACAAGGATGCCG
EST: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTG GTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCACAAGGATGCCGEST: gi|29668175|gb|CB664450.1|CB664450
genomic: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTGgtatgaacta ... cacttgacagGTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCACAAGGATGCCG
EST: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTG GTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCACAAGGATGCCGEST: gi|38479296|gb|CF963429.1|CF963429
genomic: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTGgtatgaacta ... cacttgacagGTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCACAAGGATGCCG
EST: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTG GTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCAC
genomic: CTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTGgtatgaacta ... cacttgacagGTGTGTACGTGTTACTGATGTTGGGGTGGTAGCTATCGCAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACATATCTCAATTTGTCCTGgtatgaactacctgtccttttttctctgtgcaatgaaattgtgttgattgatctctgcaatcacttgacag
- - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG