1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCTATAGAAACAGGAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacacctgaatatttttacaacacctcgatttcattattttgtatcgtttcattacttatcttttggttctgtttctatgttgccaccactctag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g36800.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88973953|gb|CI718361.1|CI718361
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|58586315|gb|CF984623.1|CF984623
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGCTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88955142|gb|CI721769.1|CI721769
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88429289|gb|CI690188.1|CI690188
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88984099|gb|CI723658.1|CI723658
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88448544|gb|CI693932.1|CI693932
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88903765|gb|CI711467.1|CI711467
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88668467|gb|CI722029.1|CI722029
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88593801|gb|CI713755.1|CI713755
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88673094|gb|CI727209.1|CI727209
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|89171572|gb|CI720631.1|CI720631
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|38483247|gb|CF967049.1|CF967049
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGCTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88672804|gb|CI726920.1|CI726920
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88595123|gb|CI715279.1|CI715279
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88591454|gb|CI707490.1|CI707490
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88585740|gb|CI701477.1|CI701477
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88667567|gb|CI722306.1|CI722306
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88306817|gb|CI671980.1|CI671980
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88581192|gb|CI698166.1|CI698166
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|25798307|gb|CA754268.1|CA754268
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCCTGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACEST: gi|88672242|gb|CI726358.1|CI726358
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGAC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88587435|gb|CI705181.1|CI705181
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88673777|gb|CI727890.1|CI727890
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88905187|gb|CI712486.1|CI712486
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88671356|gb|CI725398.1|CI725398
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88668182|gb|CI722921.1|CI722921
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88675230|gb|CI727345.1|CI727345
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|89171823|gb|CI720882.1|CI720882
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88669090|gb|CI720047.1|CI720047
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|89171345|gb|CI720404.1|CI720404
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88908712|gb|CI714854.1|CI714854
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88972824|gb|CI717550.1|CI717550
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCEST: gi|88666460|gb|CI718596.1|CI718596
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
EST: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACA GTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
genomic: GAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacac ... accactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTATAGAAACAGGAACTGGTTATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTTGCAGCTGGAACAgtaagaacacctgaatatttttacaacacctcgatttcattattttgtatcgtttcattacttatcttttggttctgtttctatgttgccaccactctag
- - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA