Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatgatttcctttctccataaactgaaagtactgtcctactacatgttatcagtactgtaactttctttacttatattatggatgagagtatgct...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g26880.4
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatgatttcctttctccataaactgaaagtactgtcctactacatgttatcagtactgtaactttctt-tacttatattatggatgagagtatgct
|||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||    ||||| |   ||| |||   ||| |  | |    | |  ||  | | |    || | |  ||        || ||| | 
GTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTGgtaagaatggtttacttttctgataaaattccagtgctgatatac-atgtatagaaattgttgccattctgaaatattgagtttggctccctgattattca

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA09G08150.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatgatttcctttctccataaactgaaagt-actgtcctactacatgttatcagtactg-taac--tttctttacttatattatggatgagagtatgct
| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||  |   |  || ||||  || | |  | |  | |   | |||  |  || | |   | | | |   ||  |||  | |||||    ||||   | ||| 
GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctatatatctatctctgtatattttatgagattactcaactggacatttttaagtcagatcatgattgttttgttaatatttc--atgacc-tctgc-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29668604|gb|CB664879.1|CB664879
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|29670252|gb|CB666527.1|CB666527
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|59930115|gb|AB178657.1|AB178657
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGAWGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|29673829|gb|CB670104.1|CB670104
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|29670274|gb|CB666549.1|CB666549
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|29668613|gb|CB664888.1|CB664888
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|59930145|gb|AB178687.1|AB178687
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTMATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|29668647|gb|CB664922.1|CB664922
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|29668563|gb|CB664838.1|CB664838
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT
EST: gi|59930143|gb|AB178685.1|AB178685
EST:     GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG                         GAAAGGTGCTCCAACTACWCCGTTGAWCACTATTGCGATGACTAAAATAGT
genomic: GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTGgtaagaatga ... acaattgcagGAAAGGTGCTCCAACTACTCCGTTGATCACTATTGCAATGACTAAAATAGT