1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
ATCACAGACTTACCATTCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgtgttctcaattttagcacctcagttattatatgttttaacatttgaatggtgttcacctgcaagattagtgaagtacaaaagtatcttggcttatgaatttgctatgttctaatccccaacatatttattctgaacctctagctttggacttttttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g45650.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAG CAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCCEST: gi|58678385|gb|CK067072.1|CK067072
genomic: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgt ... cttttttcagCAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCC
EST: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAG CAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCCEST: gi|58678409|gb|CK067096.1|CK067096
genomic: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgt ... cttttttcagCAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCC
EST: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAG CAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCCEST: gi|58686372|gb|CK075059.1|CK075059
genomic: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgt ... cttttttcagCAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCC
EST: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAG CAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGAEST: gi|58664452|gb|CK053138.1|CK053138
genomic: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgt ... cttttttcagCAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGA
EST: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAG CAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGEST: gi|58589625|gb|CF987933.1|CF987933
genomic: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgt ... cttttttcagCAAACTATTTGGCTCTTCATTAGG
EST: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAG CAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCCEST: gi|88328438|gb|CI676643.1|CI676643
genomic: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgt ... cttttttcagCAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCC
EST: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAG CAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCC
genomic: TCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgt ... cttttttcagCAAACTATTTGGCTCTTCATTAGGGACATGATCAAAGGGATTTTGCTATCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCACAGACTTACCATTCTCTCTTTATTCAACATTTGTTATTGAAGCTAAACATGGTTTTAACAAGgtatgtttgtgttctcaattttagcacctcagttattatatgttttaacatttgaatggtgttcacctgcaagattagtgaagtacaaaagtatcttggcttatgaatttgctatgttctaatccccaacatatttattctgaacctctagctttggacttttttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC